Cmentarz został założony pod koniec XIX w. Spoczywają na nim szczątki osób związanych z klasztorem Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, głównie sióstr zakonnych, kapelanów i wychowanek Zgromadzenia. Przez 28 lat spoczywała tu również siostra Faustyna, do czasu przeniesienia szczątków do sanktuarium. W 1983 roku cmentarz został wpisany do rejestru zabytków.