Początki parafii Podwyższenia Krzyża Świętego w Spycimierzu oraz informacje o istnieniu drewnianego kościoła sięgają roku 1106, wzmiankował o tym w swojej kronice Gall Anonim.
Pierwsza świątynia służyła parafianom (w roku 1728 około 200 wiernych) do lat 80. XVIII w. Ze względu na zły stan techniczny została rozebrana i w jej miejscu, w latach 1780–1784 wzniesiono nowy, drewniany budynek kościoła. Przetrwał on do roku 1943, kiedy to został całkowicie zniszczony przez okupanta hitlerowskiego. Wraz z nim barbarzyńsko zniszczono słynący łaskami krzyż, z którego ocalała jedynie Głowa Chrystusa, którą dziś można zobaczyć w Muzeum Narodowym w Poznaniu.
Po zakończeniu II wojny światowej, w roku 1946 wybudowano kolejną, drewnianą świątynię. Na jej miejscu w latach 1986-1992 wzniesiono obecny, murowany kościół.
Warto wiedzieć: W bliskim sąsiedztwie kościoła znajduje się stary budynek plebanii. W roku 2021 przeszedł on gruntowny remont. Podczas prac przypadkowo natrafiono na pocisk artyleryjski 82 mm pochodzący najprawdopodobniej z okresu II wojny światowej.