Gotycki kościół farny św. Jana Chrzciciela jest najstarszą międzyrzecką świątynią. Pierwotnie kościół parafialny wraz z otaczającym go cmentarzem lokowany był w zachodniej pierzei rynku. Nowa świątynia powstała na przełomie XV/XVI w. w pewnym oddaleniu od ratusza, przy dzisiejszej ul. Mieszka I. Z powodu zniszczeń i pożarów, budowla była wielokrotnie remontowana a jej wygląd ulegał zmianom. Przez pewien czas posiadała wolno stojącą, drewnianą dzwonnicę. Dziś w jej miejscu znajduje się głaz jubileuszowy (Jubileusz 2000).
Bryłą kościoła zwraca uwagę bogato zdobionymi szczytami i niewielką drewnianą wieżyczką, nadbudowaną w 1835 r. Halowe, trzynawowe wnętrze w latach 1856-62 zostało zregotyzowane; ponowna restauracja przeprowadzona była ok. 1960 r. , ostatnia w 2009 r. W nawach oglądamy piękne sklepienie gwiaździste, w prezbiterium – kolebkowe z lunetami a w tzw. starej zakrystii zachowało się średniowieczne ożebrowanie dwuwklęskowe.
Podczas ostatniej renowacji wnętrza prowadzonej w 2009 r. odkryto na sklepieniu i w górnych partiach ścian prezbiterium wspaniałe renesansowe freski. Są jednymi z najcenniejszych w woj. lubuskim.