Pierwszy udokumentowany kościół w Mogilanach został wybudowany przed 1440 rokiem przez o.o. cystersów ze Szczrzyca. Był to kościół drewniany i przetrwał do początku XVII w. kiedy to prawdopodobnie spłonął. O kościele tym wspominał Jan Długosz w „Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis”. Jedyną pamiątką po tym kościele jest późnogotycka rzeźba Chrystusa Zmartwychwstałego.
Początki obecnego kościoła sięgają roku 1604, kiedy to pan na Mogilanach, Mikołaj Borek z Trzcińca, rozpoczął budowę murowanej świątyni. Był to kościół orientowany, jednonawowy z transeptem i półkolistym prezbiterium. Po czterech latach budowy Paweł Dąbski. biskup krakowski konsekrował nowy kościół. W 1663 r. po północnej stronie kościoła dobudowano kaplicę grobową Jordanów. W I poł. XIX w. W roku 1850 wybudowano dzwonnicę w stylu neogotyckim. Wykonano klasycystyczną kruchtę przyozdobioną rokokowymi puttami i wazonami pochodzącymi z pobliskiego dworu.
W 1928 kościół został rozbudowany, wykonano nowe prezbiterium i transept. Kolejna przebudowa miała miejsce w 1975 r. Do najważniejszych elementów wyposażenia należą: unikalny w skali europejskiej późnobarokowy ołtarz zawierający późnogotyckie rzeźby z poprzedniego ołtarza, kamienna chrzcielnica z 1610 r., dzwon z 1617 r, ufundowany przez fundatora kościoła Mikołaja Borka, późnobarkowa ambona z I poł. XVIII w., polichromie w kaplicy grobowej z 1882 r. oraz dwie XVIII-wieczne rzeźby św. Jana Kantego i św. Kazimierza królewicza.