Początki dworu sięgają XVI w. Pierwotnie istniał tu drewniany pałac zbudowany w latach 1560-1567 przez kasztelana krakowskiego Wawrzyńca Spytka Jordana z Zakliczyna herbu Trzy Trąby. Prace nadzorował włoski architekt Bartolomeo Ridolfi. W XVI w. w pałacu gościło wiele znakomitych postaci epoki, wśród nich Mikołaj Rej, który tu właśnie napisał „Do uczciwego a bacznego Polaka” a w pałacowej drukarni wdrukowane zostało inne jego dzieło – „Żywot człowieka poczciwego”.
Właścicielami pałacu a następnie dworu byli Zborowscy, Borkowie, Jordanowie, Potoccy, Lubomirscy, Massalscy i Konopkowie. Pałac Jordana przetrwał do 1796 r. Na miejscu dawnego pałacu kolejni właściciele Massalscy wybudowali murowany dwór. Obecną formę dwór uzyskał w 1830 r, kiedy właścicielami była rodzina Konopków. Wykonany został w stylu późnoklasycystycznym, na rzucie prostokąta. Od zajazdu i od ogrodu zostały wykonane portyki arkadowe zwieńczone trójkątnymi przyczółkami. Całość nakryta jest dachem mansardowym z lukarnami.
Po kampanii wrześniowej 1939 r. dwór został skonfiskowany przez Niemców. Po wojnie został upaństwowiony, po czym przeznaczony na szkołę, przedszkole i mieszkania dla nauczycieli. Ziemie Konopków zostały rozparcelowane i w większości przekazane do Rolniczej Spółdzielni Produkcyjnej. W krótkim czasie budynek zaczął zmieniać się w ruinę. W 1967 dwór przejęła Polska Akademia Nauk, która wykonała remont budynku i urządziła w nim ośrodek konferencyjny. Gdy w 2010 r. zlikwidowano zarządzające ośrodkiem gospodarstwo pomocnicze PAN, dwór stracił zarządcę i powoli zaczął podupadać. Budynek i otaczający go park zostały zamknięte.
Obecnie dwór i park zostały użyczone przez Skarb Państwa Gminie Mogilany. Park jest udostępniony dla mieszkańców. Odbywają się w nim między innymi imprezy organizowane przez gminę. W budynku urządzane są przyjęcia, są również udostępniane pokoje gościnne na poddaszu.