Kościół drewniany, obecnie tzw. “górny” został zbudowany w latach 1801-04 przez ewangelików, nie w obecnym miejscu, tj. w Malni a niedaleko Kluczborka, w Kostowie. Po II wojnie światowej, kiedy właściwie ewangelików wypędzono z Polski, w 1965 roku zbór ewangelicki w Kostowie przestał istnieć a tamtejszy opuszczony kościółek drewniany zaczął niszczeć. W latach 1976-78 przeniesiono go do Malni, w której budowano oficjalnie salki katechetyczne z ewentualnym przeznaczeniem na kościół.
Do czasu rekonstrukcji drewnianego kościółka i oficjalnego zakończenia budowy salek katechetycznych w Malni, nabożeństwa odbywały się w kaplicy z początków XX wieku. Drewniane elementy kościółka przeniesiono do Malni lecz nie wszystkie nadawały się do ponownego wykorzystania na ściany kościółka. Postanowiono więc zniszczone elementy konstrukcyjne zastąpić nowymi. W ten sposób został odtworzony drewniany kościół, który otrzymał nowe życie a zarazem nowe wezwanie św. Franciszka z Asyżu.
Kościół został zbudowany w konstrukcji zrębowej z belek prostokątnych o zbliżonym połączeniu na tzw. zamek węgłowy, na planie połączonych ze sobą prostokątów, zamknięty trójbocznie, przekryty dachami dwupołaciowymi nad prezbiterium i nawą nie połączonymi wspólną kalenicą ze względu na różnicę w ich wysokościach. Od frontu do wnętrza świątyni prowadzi kruchta a na styku kalenicy dachu nad nawą osadzono niewysoką wieżę a raczej jej podstawę zwieńczoną wieżyczką na sygnaturkę. Jest to rozwiązanie nieco inne od tych przeważających w kościołach na terenie Górnego Śląska, w części wschodniej i opolskiej.
Dachy zostały pokryte tradycyjnie drewnianym gontem, jedynie pokrycie wieżyczki na sygnaturkę jest z innego materiału. Ściany świątyni również zostały oszalowane drewnianym gontem i zabezpieczone przed szybkim zużyciem. Elewacja boczna od strony wschodniej posiada dwa prostokątne okna w nawie i prezbiterium, a od strony zachodniej osadzono również po dwa okna, ale w nawie i prezbiterium. Z tyłu prezbiterium doświetlone jest okulusem.
Do prezbiterium przylega zakrystia przekryta dachem jednopołaciowym, pokrytym drewnianym gontem. Wnętrze świątyni jest dość skromne ale warte obejrzenia, a więc na uwagę zasługują: empora chóralna, składająca się z trzech części, ołtarz główny typu szafowego, z obrazem “Ekstaza św. Franciszka”, z figurami po bokach: Matki Boskiej z Dzieciątkiem (przypuszczam wykonana w stylu ludowym) i św. Józefa z Dzieciątkiem a także krucyfiks na belce tęczowej.