Bez wątpienia najcenniejszym zabytkiem związanym z bazyliką Mariacką jest arcydzieło Hansa Memlinga, tryptyk Sąd Ostateczny. O jego wyjątkowości stanowi nie tylko kunszt twórcy, ale również dramatyczne i nie do końca poznane dzieje, naznaczone piętnem ciągłej wędrówki. Nie wiemy, w jaki sposób tryptyk trafił do kościoła. Według powszechnie przyjętej tradycji był łupem zdobytym w 1473 r. podczas wojny między Anglią a Hanzą, do której należał Gdańsk. Inne podania mówiły, że ołtarz ten, zamówiony przez papieża, trafił w ręce korsarzy, od których przechwycili go gdańscy kaprzy.
O zwrot ołtarza toczył się ponoć długotrwały proces, w który zaangażowani byli Medyceusze, książę burgundzki Karol Śmiały i papież Sykstus IV, ale tryptyk pozostał w bazylice w Gdańsku. Stanowił jednak obiekt pożądania możnych tego świata. Cesarz Rudolf II chciał go kupić za 40 tysięcy talarów, a car Piotr I usiłował zdobyć go intrygą i szantażem. Napoleon po zajęciu Gdańska w 1807 r. rozkazał przewieźć go do Luwru. Siedem lat później tryptyk opuścił Luwr i trafił do Berlina, skąd w 1816 r. powrócił do Gdańska. Pod koniec II wojny światowej Niemcy wywieźli go do Turyngii, a stamtąd zabrała go Armia Czerwona, by umieścić w leningradzkim Ermitażu.
W 1956 r. ołtarz powrócił do Polski, ale zamiast w kościele Mariackim znalazł się w Muzeum Narodowym w Gdańsku. Tak więc jego wędrówka nie dobiegła jeszcze końca.