Budowę tego wspaniałego kościoła i klasztoru franciszkanów rozpoczęto w XV w. Do kościoła Św. Trójcy przylega kaplica św. Anny, która jest jednym z najwspanialszych zabytków architektury późnego gotyku w Polsce i którą z pewnością warto zobaczyć.
W czasach reformacji kościół przeszedł w ręce protestantów, a klasztor przekazano miastu na szkołę. Od 1558 r. do pocz. XIX w. funkcjonowało tam słynne Gimnazjum Akademickie. W budynkach klasztornych gromadzono również dzieła gdańskiej sztuki. Zbiór ten stał się zaczątkiem obecnego Muzeum Narodowego.