Kościół w Kwakowie istniał już w XIII w., była to drewniana budowla postawiona na miejscu wcześniejszego grodziska. Świątynia spłonęła w XIV w. i na jej miejscu wybudowano nową, murowaną, gotycką. Na przełomie XIV i XV w. dodano do niej wieżę, która obecnie jest najstarszą częścią obiektu. Ostateczny kształt uzyskała na początku XVIII w.
W tym czasie kościół należał do gminy luterańskiej. Przynależność ta zaważyła na kształcie świątyni po przebudowie: w połowie XIX w. okazała się za mała; rozebrano ją więc i w 1865 r. ukończono nową, neogotycką, tym razem z ciosanych głazów narzutowych. Jej wyposażenie było (i jest) bardzo skromne. Od 1945 r. znów w kościele modlą się katolicy, w 2010 r. przeprowadzono gruntowny remont budowli.