Wieś Młynarska Wola położona jest przy drodze wojewódzkiej nr 509 Ornety do Młynar, dawna niemiecka nazwa to Herrndorf. Miejsce to najprawdopodobniej lokowane było przed rokiem 1329, powstało na obszarze dawnej staropruskiej osady które wówczas podlegało komturstwu w Elblągu.
Przypuszcza się iż pierwszy kościół wzniesiono ok. 1330 r., poświęcono go świętemu Tomaszowi. Niestety budowla ta w XV i XVI w. została zniszczona, wybudowano ją od nowa z wykorzystaniem starych kamieni i cegieł w roku 1593 o czym informowała data na chorągiewce wiatrowej. Świątynia była jednym z najciekawszych obiektów w okolicy, jej nawa główna miała 31 m długości i ok. 15 m szerokości. Szczególnie dekoracyjnym i wartościowym elementem dawnego kościoła był jego wschodni szczyt wsparty przyporami z otynkowanymi blendami i ostrołukowym oknem, które w 1709 r. powiększono.
W roku 1705 postawiono drewnianą wieżę z zegarem, na chorągiewce wiatrowej oprócz daty 1823 odnoszącej się do remontu wieży znajdował się także herb Dohnów ze Słobit. W wieży znajdowały się dwa dzwony, które po roku 1945 przeniesiono do Młynar.
Wspomniany ród Dohnów ze Słobit w zasadzie sprawował prywatny patronat na kościołem, oni też ufundowali prawie wszystkie utensylia. Z opisów wiadomo iż świątynia posiadała dość bogate wyposażenie wnętrza, wykonane w stylu barokowym i pochodzące z XVIII wieku.
Ten sakralny przybytek pełnił swoją funkcje do 1945 r., zawieruchę wojenną przeszedł nie tknięty i jakiś czas pełnił funkcję spichlerza dla żołnierzy sowieckich. Stan kościoła był na tyle dobry iż nadal nadawał się do sprawowania kultu, nie został jednak przejęty prze administratora parafii pobliskich Młynar gdyż opiekował się już ośmioma innymi kościołami. W tej sytuacji został przejęty przez prawosławnych, którzy użytkowali go przez kilka lat.
W latach 60 i 70 w kościele mieścił się magazyn nawozów sztucznych, niestety jego stan w tym czasie był już katastrofalny. Około roku 1990 istniał jeszcze dach, później cała opuszczona już konstrukcja zawaliła się. Obecnie dawny kościół świętego Tomasza to zarośnięte i zaniedbane ruiny, prócz nich zachowała się jeszcze część przykościelnego cmentarza z brama wejściową. W 1968 r. ruiny i przykościelny cmentarz wpisano do rejestru zabytków.