Gotycki kościół pw.św. Piotra Apostoła w Młynarach został wybudowany około 1330 roku. Jest to budowla orientowana, na rzucie prostokąta, dwunawowa (w planie były trzy nawy), murowana z cegły i tynkowana z wyjątkiem wieży. Dwieście lat potem kościół ten przekształcono w zbór ewangelicki. W 1547 roku miał miejsce pierwszy pożar trawiący tę gotycka budowlę. Odbudowano dwie zniszczone nawy w ciągu następnych kilku lat. Do ich odbudowy użyto cegły z rozbieranych murów obronnych miasteczka.
W latach 1567/70 dobudowana została wieża kościelna ulokowana charakterystycznie dla sposobu pomezańskiego w kierunku północno-zachodnim. W 1654 wykonana została barokowa ambona przez rzeźbiarza Hannsa Ohlmana. W latach 1739/40 nastąpiła gruntowna przebudowa świątyni. Gipsowe stropy zastąpiono drewnianymi, zlikwidowano chór po stronie południowej, a z prezbiterium zrobiono zakrystię.
Pięć lat później wykonane zostały nowe organy przez Adama Gottloba Caspariniego. Na początku XX wieku zainstalowano ogrzewanie w kościele. Wyposażenie wnętrza pochodzi z XVIII wieku w stylu barokowym. Po zakończeniu II wojny światowej kościół przejęła parafia katolicka, a pierwszym proboszczem został ks. Stanisław Majewski.
28 lutego 1968 roku wpisano świątynię do rejestru zabytków.