Cerkiew pw. św. Jana Teologa w Supraślu zbudowana została w 1889 roku, w czasie kiedy Polska była pod zaborami. Mnichom służyła do 1915 roku. W okresie międzywojennym stała zamknięta, gdyż w Supraślu nie było parafii. Podczas II wojny światowej została zdewastowana przez sowieckich żołnierzy. Dopiero w 1956 roku, po remoncie, jest wykorzystywana ponownie przez społeczność prawosławną.