Fundowany przez kardynała Oleśnickiego, zbudowany pod koniec XV w. Zakon Bernardynów powstał pod wpływem pobytu w Krakowie św. Jana Kapistrana w 1453 r. Pod wpływem jego kazań wielu młodych ludzi wstąpiło do tzw. observantów (zreformowany zakon franciszkanów), a ponieważ w Krakowie przy klasztorze powstał drewniany kościół pod wezwaniem św. Bernarda, nazwano ich Bernardynami.
W czasie potopu szwedzkiego uległ całkowitemu zniszczeniu (to od tej strony Szwedzi zdobywali Wawel). Kościół odbudowano w stylu barokowym. Autorem projektu był Ludwik Mieroszewski. Kościół ma układ bazylikowy, a nad przecięciem nawy głownej i transeptu znajduje się niska kopuła, zbudowana tak, by nie zasłaniała widoku z Wawelu na przedpola w czasie ewentualnych walk.
Wystrój kościoła jest późnobarokowy z II połowy XVIII w. Zachwycają pełne ozdób i złoceń ołrtarze. Za ołtarzem głównym, który kulisowo otwiera się na chór zakonny znajduje się wspólny obraz dla kościoła i chóru: Ostatnia Wieczerza, namalowany przez zakonnika tutejszego klasztoru Franciszka Lekszyckiego. W XVII w. oprócz tego obrazu Lekszycki namalował jeszcze cztery inne: Ukrzyżowanie, Zdjęcie z krzyża i św. Antoniego. Obrazy te znajdują się w ołtarzach bocznych. Po prawej stronie możemy podziwiać kaplicę poświęconą św. Szymonowi z Lipnicy, który mieszkał i działał w tutejszym klasztorze w XV w. Znajdują się w niej relikwie świętego oraz płaszcz , który niegdyś nosił, a który nakładano na chorych, aby ich uzdrawiać. Po lewej stronie znajduje się kaplica św. Anny z rzeźbą, która powstała w warsztacie Wita Stwosza. Za zakrystią można pomodlić się w kaplicy Matki Boskiej Sokalskiej.