Przed rozbiorami była to wieś królewska, po raz pierwszy odnotowana w 1564 r. Było tutaj wówczas pięć zagród, staw oraz "dwa doły, w których kurzą smołę". W 1765 r. postawiono w Chełście świątynię dla okolicznych ewangelików - skromną, ale zgrabną szachulcową budowlę z dachem naczółkowym i balkonem w salowym wnętrzu (dziś jest to kościół pw. MB Częstochowskiej). Tablica na dawnej szkole upamiętnia urodzonego tutaj Józefa Chociszewskiego (1837-1914) - dziennikarza, księgarza i wydawcę, działającego w Poznaniu i Gnieźnie, niestrudzenie popularyzującego przeszłość i kulturę polską.
W okresie międzywojennym Chełst dzieliła granica państwowa między Polską a Niemcami. Poprowadzono ją na rzeczce o nazwie Miała - niewielkim lewym dopływie Noteci, odwadniającym tereny Puszczy Noteckiej. Kordon podzielił jednolitą od wieków osadę, domy i ludzie znaleźli się w dwóch różnych państwach. W Chełście działało przejście graniczne. W zachodniej części wsi, pod lasem, Niemcy postawili dużą strażnicę (dziś mieści się w niej szkoła).
Ten niezwykły podział trwał do 1939 r. Gdy w 1950 r. wytyczano granicę województwa zielonogórskiego, na ogół na linii dawnej granicy z Niemcami, w tym rejonie zrobiono odstępstwo i Chełst w całości pozostał w powiecie czarnkowskim. Tak samo przebiega dzisiaj granica województw wielkopolskiego i lubuskiego.