Fort 44a Pękowice powstał w latach 1895 -1897 w celu obrony prawego skrzydła Fortu 44 Tonie, należał do IV sektora obronnego Twierdzy Kraków. Elementy pancerne Fortu Pękowice zezłomowano po 1940 roku, a otwory po wieżach zasklepiono blachą. Od 2006 roku w gruntownym remoncie.