Początki seminarium sięgają 1601 r., kiedy powołano je na synodzie diecezjalnym. Pierwszą siedzibę miało na Wawelu. W 1901 r. zbudowano nowy budynek przy ulicy Podzamcze, a w 1954 r. drugi przy ulicy Piłsudskiego. Budynek przy Podzamczu, będący siedzibą rektoratu, wzniesiony z czerwonej cegły z pięknymi zdobieniami, prezentuje się wyjątkowo okazale. Absolwentem seminarium był m.in. Karol Wojtyła.