Trójnawową, murowaną z cegły katedrę wzniesiono w latach 1310-1360 na planie wydłużonego prostokąta. Jest to największy obiekt sakralny na terenie powiatu kwidzyńskiego. Przy południowym portalu znajduje się kruchta wykonana w stylu romańsko-gotyckim z gotlandzkiego kamienia wapiennego - pozostałość wcześniejszej świątyni.
Patronami katedry są Najświętsza Maria Panna oraz św. Jan Ewangelista, którego wizerunek widnieje na mozaice umieszczonej nad południowym wejściem do świątyni. Mozaikę ufundował najprawdopodobniej biskup Jan Monch w 1380 r. Malowidła pod oknami naw bocznych tworzą cykl 24 scen z życia Jezusa i Maryi oraz innych świętych (m.in. Kuszenie Chrystusa, Zaśnięcie Maryi, wizerunki św. Jana Ewangelisty, św. Krzysztofa, św. Mikołaja, świętych Kosmy i Damiana). Malowidła o dużej wartości znajdują się też na chórze wschodnim. Są to 22 freski wykonane około 1520 r. Przedstawiają trzech wielkich mistrzów krzyżackich, Marię z Dzieciątkiem, św. Jana i siedemnastu biskupów pomezańskich. W kościele warto obejrzeć także tron biskupi z początku XVI w. fundacji biskupa Dobenecka, ołtarz barokowy z lat 1690-1695, konfesjonał z 1716 r. oraz dwa dzwony z XVI w.
W 2007 r. podczas prac archeologicznych w zabytkowej katedrze dokonano niezwykłego odkrycia. Archeolodzy szukali grobu słynnej średniowiecznej mistyczki bł. Doroty z Mątowów Wielkich, a znaleźli - co potwierdziły badania - groby trzech wielkich mistrzów krzyżackich: Henryka von Plauena, Wernera von Olsena i Ludolfa Königa von Wattzau. Badania wykazały, że odnalezione szkielety należały do mężczyzn w wieku 45-60 lat. Jeden z nich miał zmiany zwyrodnieniowe kręgów oraz stawów kolanowych, co może świadczyć, że spędzał dużo czasu w siodle i często posługiwał się mieczem. Przeprowadzone na próbkach kości badania genetyczne wskazują, iż zmarli mogli chorować na chorobę psychiczną, a według przekazów historycznych na taką chorobę cierpiał Werner von Olsen... Szczątki odziane były w jedwabne i przetykane złotem płaszcze, a także pasy oraz bieliznę z jedwabiu, co świadczy o wysokiej pozycji społecznej pochowanych ludzi. Analiza XIV-wiecznego rejestru wydatków podskarbiego malborskiego wykazała ponad wszelką wątpliwość, że jedwab kupowano tylko i wyłącznie na potrzeby wielkich mistrzów. Za taką identyfikacją szczątków przemawiają także znalezione przy nich klamry do pasów. Również badanie trumien potwierdziło ich pochodzenie z epoki. W tej sytuacji nasuwa się pytanie, dlaczego wielkich mistrzów pochowano w Kwidzynie, a nie w Malborku? Być może odpowiedzi należy szukać w ich "problematycznej" biografii - von Plauen znany był ze swej brutalności, von Olsen był zwolennikiem zawarcia pokoju z Polską, a Königa obarczano odpowiedzialnością za spustoszenie przez Litwinów dużej części państwa zakonnego. Inna hipoteza zakłada, że pochowanie w katedrze wielkich mistrzów miało potwierdzić przynależność Kwidzyna do Krzyżaków. Warto pamiętać, że Kwidzyn był niegdyś perłą państwa krzyżackiego, ale niestety popadł w ruinę po walkach prusko-krzyżackich. Zakonowi udało się odbudować miasto - powstał wspaniały kompleks katedralno-zamkowy, który stał się siedzibą biskupstwa. W 1336 r. nadano Kwidzynowi prawa miejskie i oficjalną nazwę - Marienwerder.
Władze miejskie w porozumieniu z proboszczem zabytkowej katedry planują w przyszłym roku otworzyć w świątyni minimuzeum, w którym wyeksponowane zostaną wydobyte przez archeologów szczątki, a także odtworzone jedwabne szaty, w których wielcy mistrzowie zostali pochowani. Średniowieczny ikład urbanistyczny miasta wraz z gotyckimi zabytkami stanowi obecnie o atrakcyjności turystycznej miejscowości, którą warto polecić odwiedzającym jako miejsce na spędzenie weekendu.