Ta dawna krzyżacka posiadłość, o której pierwsze wzmianki pochodzą z XV wieku, nazywana była początkowo Szydlickim Młynem. Z czasem jednak trafiła w ręce gdańskich patrycjuszy i stopniowo utarła się inna jej nazwa - Tempelburg, czyli Zamek Świątyni. Nazwa ta kojarzy się z zakonem Templariuszy, a niektórzy historycy skłonni są uznać, że nie jest to przypadek…
Wspomnianymi patrycjuszowskimi rodzinami byli kolejno Brandesowie i Schwartzwaldowie, którzy dobrze władali majątkiem nadając mu rozgłos i blask. Krzyżowniki gościły wielu znamienitych gości, był wśród nich sam król Zygmunt III Waza. Majątek stał się znany z jeszcze jednego powodu. Znajdujący się na jego terenie staw młyński, który zasilany przez wody Potoku Siedleckiego, pełnił funkcję zbiornika wody pitnej dostarczanej do centrum dawnego Gdańska podziemnym, drewnianym rurociągiem.
W XVIII wieku do dworu Krzyżowniki zawitali masoni. Kolejni dzierżawcy majątku byli członkami gdańskiej loży masońskiej, którzy organizowali tu spotkania jeszcze w XIX wieku. Historia wspomina urządzone przez lożę Pod Trzema Poziomnicami w 1763 roku, głośne obchody nocy świętojańskiej…
Pod koniec XIX wieku budynki kompleksu dworu Krzyżowniki przeznaczone zostały na siedzibę zakładu wychowawczego dla trudnej młodzieży męskiej, który po I wojnie światowej przekształcony został w szkołę. Po II wojnie światowej budynki przejęła Milicja Obywatelska, a później Policja.
Najstarsze zachowane elementy kompleksu dworskiego pochodzą z XVII wieku. Od kilkunastu lat w mury znów powróciła szkoła, powstało również młodzieżowe schronisko oferujące noclegi, salę konferencyjną oraz pomoc w organizacji zwiedzania Gdańska z przewodnikiem.