Klasycystyczny kościół św. Aleksandra na placu Trzech Krzyży niezawodnie jest jedną z najbardziej znanych świątyń Warszawy. Chociaż liczy sobie dopiero 193 lata, dzieje jego są tak burzliwe i skomplikowane, jak mało której świątyni warszawskiej.
Wzniesiony został w okresie Królestwa Kongresowego w formie klasycystycznej rotundy wzorowanej na Panteonie rzymskim. Został gruntownie przekształcony i powiększony w duchu neorenesansu u schyłku XIX stulecia, po czym niemal zupełnie zniszczony w czasie powstania warszawskiego, zaś po II wojnie światowej odrodził się w formie zbliżonej do pierwotnej. Budowę kościoła rozpoczęto w czerwcu 1818 r. wg projektu Chrystiana Piotra Aignera. Rok później przy budowie świątyni doszło do tragicznego w skutkach wypadku, o którym pisze w swoich pamiętnikach Julian Ursyn Niemcewicz: „Dziś dnia 23 sierpnia [1819] rusztowanie budującego się kościoła przy ulicy Ujazdowskiej zawaliło się i sześć nieszczęśliwych roboczych kobiet okropnie na śmierć zagniotło. Gdy roztrząsano, co mogło być przyczyną, postrzeżono, że klamry spinające rusztowanie pokradzione były w dzień, gdy Moskale użyci byli do roboty”.
Początkowo duże tempo budowy z czasem zmalało. Dopiero w 1823 r. przystąpiono do dekoracji wnętrz. Całkowite ukończenie kościoła z zewnątrz i od wewnątrz nastąpiło późną wiosną 1825 r. Konsekracja odbyła się rok później, 18 czerwca 1826 roku. Jeszcze w tym samym roku kościół otoczono ogrodzeniem złożonym z kamiennych słupów połączonych żelaznymi łańcuchami. Wzniesiony został ze składek społecznych, głównie urzędników państwowych, jako votum za ustanowienie Królestwa Polskiego. Wybudowany kościół założony był na planie koła, mając formę rotundy z sześciokolumnowymi portykami korynckimi, od południa i od północy, oraz przykryty płaską kopułą.
Wnętrze świątyni Aigner ukształtował na miniaturę Panteonu w Rzymie. Pod kościołem właściwym architekt zaprojektował „kościół podziemny na użytek Grobu Pańskiego” ze sklepieniem wspartym na potężnym filarze. W miarę upływu lat kościół okazał się niewystarczający na potrzeby parafii, gdyż był jedyną świątynią katolicką w południowej części Warszawy. Od lat 50. XIX w. poważnie myślano o jego powiększeniu.
W kwietniu 1883 roku - siedem lat po tym, jak Karolina Grodzicka ofiarowała miastu część swojego majątku z wyraźnym przeznaczeniem na rozszerzenie kościoła św. Aleksandra - ogłoszono konkurs na jego gruntowną przebudowę. W międzyczasie, od 1854 do 1875 r., powstały cztery projekty przebudowy (Henryk Marconi, Ignacy Kwiatkowski, Zygmunt Kiślański, Władysław Hirszel), które z różnych względów, przede wszystkim finansowych, nie doczekały się realizacji. Konkurs wygrał projekt nr XI oznaczony godłem „Alfa krzyż omega” Józefa Piusa Dziekońskiego. On też objął kierownictwo robót rozpoczętych w lipcu 1886 r. Za datę zakończenia przebudowy przyjmuje się 1895 r. Świątynię przedłużono w kierunku południowym, dodając korpus nawowy z dwiema wieżami w fasadzie. Wzniesiono również część okalającą aignerowską rotundę i powiększono dawną zakrystię, przesuwając jej ścianę frontową wraz z portykiem w kierunku ulicy Nowy Świat. Kopułę podwyższono, nadając jej kształt zbliżony do kopuły bazyliki św. Piotra w Rzymie. Przebudowa całkowicie zatarła klasycystyczne cechy stylowe pierwotnej budowli. Z zewnątrz kościół otrzymał piękną i bogatą dekorację rzeźbiarską. W takim stanie przetrwał do 1939 r., kiedy został wprawdzie uszkodzony, ale nie były to szkody poważne. Skwery wokół kościoła zapełniły się wówczas grobami zabitych w czasie bombardowań.
Zagłada świątyni nastąpiła w dniach 9-11 września 1944 r., kiedy to został przez Niemców zbombardowany. Jego ruiny, sterczące pośrodku wypalonego placu Trzech Krzyży, żywo przypominały antyczną świątynię zwaloną przez jakiś potężny kataklizm. Zniszczenie wbrew pozorom nie było jednak całkowite, ocalał bowiem kościół dolny i lewa wieża kościoła górnego, uchowały się też fragmenty murów rotundy oraz silnie uszkodzony portyk od strony Nowego Światu. Parafia dążyła do możliwie szybkiej odbudowy kościoła w kształcie, jaki nadal mu Józef Pius Dziekoński. Na przeszkodzie stanął Wydział Architektury Zabytkowej Biura Odbudowy Stolicy, który domagał się odbudowy świątyni w takiej formie, jaką nadał jej Chrystian Piotr Aigner. W końcu znaleziono jednak kompromis i w wyniku decyzji władz konserwatorskich oraz kościelnych, po szerokiej dyskusji w prasie stołecznej, postanowiono rozebrać resztki późniejszej nawy i wież, obniżyć kopułę oraz przywrócić budowli jej pierwotny, zaprojektowany przez Aignera kształt architektoniczny. Odbudowę, którą kierował Stanisław Marzyński, ukończono w 1952 r.
Z licznych niegdyś dzieł sztuki przechowywanych w kościele zachowała się do naszych czasów absyda z ołtarzem głównym projektu Dziekońskiego, w którym umieszczony jest obraz "Ukrzyżowanie" pędzla nieznanego malarza z XVIII w. W kościele warto zobaczyć również: epitafium księdza Jakuba Falkowskiego, piękny wizerunek św. Teresy od Dzieciątka Jezus, namalowany w 1927 r. przez francuskiego malarza Edgara Maxence’a specjalnie dla kościoła św. Aleksandra, oraz wybitne dzieło sztuki, jakim jest marmurowa figura Chrystusa w Grobie autorstwa nieznanego rzeźbiarza włoskiego.