Golgota, po łacinie Calvaria, inaczej „czaszka”, utożsamiana jest ze skalnym klifem nad kamieniołomem w pobliżu Jerozolimy zwanym Wzgórzem Czaszki. Zwyczajowo dokonywano tam egzekucji przez powieszenie skazańców nieprzestrzegających obowiązującego prawa. Na wzniesieniu, wg przesłania religii katolickiej, ukrzyżowano Jezusa Chrystusa, który przed śmiercią przeszedł Drogę Męki Pańskiej, niosąc krzyż od pretorium Piłata do miejsca śmierci.
Określenie "kalwaria" przetrwało do tej pory i oznacza zespół kościołów, kaplic symbolizujących stacje Drogi Krzyżowej. Zwyczajowo zakładane na wzgórzach, symbolizowały jerozolimskie Wzgórze Czaszki. Odgrywały niepoślednią rolę dla pielgrzymujących w okresie utrudnionego dostępu do „świętego miasta”, dając takie same odpusty jak pielgrzymki do Ziemi Świętej.
Skąd się wzięła magia sanktuarium w Kalwarii Zebrzydowskiej? Dzięki żonie Mikołaja Zebrzydowskiego, Dorocie Herbutównej z Felsztyna, która siedząc z mężem w komnacie jednej z baszt zamku lanckorońskiego i patrząc przez okienko na pobliską Górę Żarek, zauważyła trzy jaśniejące krzyże znikające w ostatnich promieniach zachodzącego słońca. Objawienie zrobiło wielkie wrażenie na obu małżonkach i Mikołaj Zebrzydowski, znany ze swojej katolickości, postanowił w miejscu ujrzenia jasności, na przeciwległej zamkowi górze, wznieść świątynię. Wybudowana została w bardzo krótkim czasie jako skromny kościół z trzema czerwonymi krzyżami, dając początek sanktuarium.
Przełomowy moment nastąpił po powrocie z Ziemi Świętej zaufanego dworzanina Hieronima Strzały. Przywiózł on ze sobą gipsowe miniatury kaplic jerozolimskich będących wzorcem później budowanych na trasie pątniczej. Kolejnym zbiegiem okoliczności, mającym duży wpływ na kształt sanktuarium i jego podobieństwo do tras jerozolimskich, miało być przeczytanie przez Michała Zebrzydowskiego w latach 1604-1605 pracy holenderskiego pisarza katolickiego i duchownego Chrystiana Adrichomiusa „Theatrum Terrae Sanctae”. Autor zawarł w niej dokładne opisy Jerozolimy ilustrowane mapami, miejscami Męki Pana Jezusa z dokładnie wymierzonymi odległościami pomiędzy poszczególnymi „stacjami” i wiele szczegółów zachęcających do budowania kalwarii we wszelkich możliwych miejscach. Michał Zebrzydowski zapalił się do pomysłu, w wyobraźni widząc krajobraz polskiej Jerozolimy, w którym Góra Żarek miała stać się odpowiednikiem Golgoty, Góra Lanckorońska Góra Oliwną, a rzeka Skawinka polskim Cedronem.
Budując, kaplica po kaplicy, zaczęto tworzyć rodzimą Ziemię Świętą w okolicach Lanckorony. Na przestrzeni ponad 400 lat zbudowano dwie zasadnicze trasy pątnicze, zwane Dróżkami Kalwaryjskimi, skupiające około 40 kościołów i kaplic będących odzwierciedleniem zapisanych w historii Kościoła wydarzeń. Leżą w pięknym krajobrazowo otoczeniu, pomiędzy Beskidem Makowskim i Pogórzem Wielickim, w kotlinie rzeki Skawinki. Jak zauważył Jan Paweł II: ”…Kalwaria ma w sobie coś takiego, że człowieka wciąga. Co się do tego przyczynia? Może i to naturalne piękno krajobrazu, który się stąd roztacza u progu polskich Beskidów…". Zarówno 28 stacji znajdujących się w 24 obiektach (kaplicach Dróżki Pana Jezusa), jak i Dróżki Matki Bożej (ujęte w trzech segmentach: Boleści, Zaśnięcia i Wniebowzięcia), składające się z 24 stacji umieszczonych w 11 kaplicach i 10 kaplicach wspólnych z dróżkami Pana Jezusa, cieszą się wielką popularnością i są odwiedzane przez miliony pątników z kraju oraz zagranicy.
W 1999 r. w uznaniu historycznych, architektonicznych i krajobrazowych wartości sanktuarium (bazylika, klasztor) oraz dróżki w Kalwarii Zebrzydowskiej wpisane zostały na listę Światowego Dziedzictwa Kultury i Natury jako jedyna kalwaria na świecie.