Prusy to miejscowość znajdująca się zaraz za granicami Krakowa, przy trasie prowadzącej do Proszowic. Niegdyś należały do arcybiskupów gnieźnieńskich z nadania królewskiego; majątkiem, na terenie którego znajdował się dwór z folwarkiem, karczmą i młynem, zarządzali dzierżawcy. Później, na początku XIX wieku, trafiły w ręce prywatne: najpierw rodziny Gaszyńskich, następnie właścicielem był Jan Goetz, potem Jakub John z Krakowa.
W 1857 roku stary dwór spłonął. W okresie międzywojennym tereny te przejęła Fundacja Piotra Michałowskiego zajmująca się zapewnianiem opieki dzieciom z ubogich rodzin.
Obecnie duża część dawnego majątku w Prusach należy do Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie, który ma tu swoją stację badawczą.