Jagniątków założony został w połowie XVII w. przez czeskich protestantów, którzy uciekli przed prześladowaniami religijnymi. Osada ta przyjęła nazwę Agnetendorf prawdopodobnie od imienia księżniczki Barbary Agnieszki, córki ks. legnickiego, a żony hr. Hansa Ulricha von Schaffgotscha, do którego należały te tereny. W 1945 r. wieś ta nazywała się Agnieszków, a od 1947 - Jagniątków. Od 1954 do 1976 r. była częścią Sobieszowa, a następnie została przypisana do Piechowic. Ostatnia zmiana przynależności administracyjnej nastąpiła 1 stycznia 1998 r., kiedy we wcześniej zorganizowanym referendum mieszkańcy Jagniątkowa opowiedzieli się za przyłączeniem do Jeleniej Góry.
Budowę kościoła w Jagniątkowie rozpoczęto w 1980 r., a zakończono poświęceniem go przez ks. biskupa Tadeusza Rybaka 4 sierpnia 1985 r. Dnia 29 czerwca została erygowana parafia pw. Miłosierdzia Bożego. Pierwszym proboszczem został ks. Marian Matula, bardziej znany jako ks. Kubek, który kierował parafią jagniątkowską do 2001 r., kiedy ze względów zdrowotnych został odwołany przez biskupa legnickiego.
Kościół w Jagniątkowie jest jednym z najlepiej zaprojektowanych i wykonanych na Dolnym Śląsku obiektów sakralnych nawiązujących do form podhalańskich. Sprzed kościoła roztacza się wspaniała panorama na zachodnią część Karkonoszy ze Śnieżnymi Kotłami.