Jezuici przybyli do Chojnic w roku 1620, aby skutecznie zwalczać panoszący się w mieście luteranizm. W 1623 r. zakonnicy założyli szkołę trzyklasową, a w 1630 roku otrzymali od prymasa i króla pozwolenie na utworzenie kolegium. Szkoła zasłynęła wysokim poziomem, więc uczniowie przybywali z Wielkopolski i Brandenburgii.
W 1712 roku spalił się drewniany kościół oo. Jezuitów, więc przystąpili do budowy nowego. Zamiar urzeczywistnili dopiero w latach 1733-1744, lecz dzieło spełniło wszelkie oczekiwania. Kościół warto zobaczyć, jest uznawany za najcenniejszy zabytek budownictwa sakralnego w stylu późnego baroku na Pomorzu. Zakonnicy zabiegali o budowę kolegium, gdyż dotychczasowy budynek był za mały. W 1743 r. rada miejska sprzedała im teren i w latach 1744-1756 wybudowano gmach, którego główne skrzydło, frontem zwrócone ku zachodowi, przylega do północnej ściany kościoła, a prostopadłe skrzydło boczne swym wschodnim szczytem sięga dawnego muru miejskiego i częściowo się na nim opiera.
Budynek kolegium wraz z kościołem i przyległą doń aulą z dziewiętnastego wieku ma kształt litery U. Po ostatniej wojnie kościół był kilkakrotnie poddawany częściowej konserwacji i remontom. W 1963 r. zrekonstruowano zniszczony w 1945 r. hełm południowej wieży, w 1970 r. odsłonięto zamalowaną polichromię, w latach 1994-1997 nowe pokrycie otrzymał dach oraz odnowiono elewację. Remont ten nie był przeprowadzony starannie i ściany kościoła są w złym stanie.