Już na początku XIII w. istniał tutaj pierwszy kościół, najprawdopodobniej drewniany. Obecny wzniesiono w latach 1340-1360 za panowania zakonu krzyżackiego. W 1555 r. rada miejska urzędowo ogłosiła przyjęcie wyznania ewangelickiego, na skutek czego protestanci przejęli świątynię. Wybuchły zamieszki, w których zginął pod murami kościoła proboszcz Jan Siącki.
24 VIII 1616 r. katolicy odzyskali farę dzięki wysiłkom proboszcza Jana Gleisena, który doprowadził do egzekucji wyroku Trybunału Królewskiego. W 1657 r. podczas pożaru uległo zniszczeniu sklepienie nawy. Odbudowa trwała 21 lat. W 1733 r. podczas kolejnego pożaru zostało zniszczone sklepienie prezbiterium, spłonęło też archiwum parafialne. W następnych latach kościół odbudowano, a wnętrze urządzono w stylu barokowym.
Pod koniec XIX w. rozpoczęto regotyzację wnętrza, a w 1924 r. przeprowadzono rekonstrukcję sklepień nadając im pierwotny gotycki charakter. W 1945 r. na skutek walk między wojskami niemieckimi a radzieckimi kościół spłonął po raz trzeci. Odbudowany w latach 1947-1956.