Stary kościół w Krościenku nad Dunajcem stał się zbyt ciasny dla powiększającej się społeczności parafialnej i dlatego postanowiono zbudować nową świątynię. Na miejscu, gdzie stoi obecny kościół zbudowano w roku 1938 niewielką kaplicę. Czas wojny i okres powojenny nie stwarzały dogodnych warunków do rozpoczęcia inwestycji związanej z budową kościoła. Dopiero w 1979 r. tarnowska Kuria Diecezjalna ujęła w swoich planach budowę kościoła w Krościenku nad Dunajcem. Jednakże ówczesna władza nie wydała przychylnego zezwolenia dla tego zamierzenia. Na zgodę władz trzeba było poczekać jeszcze kilka lat.
Kamień węgielny, pochodzący z grobu św.Piotra w Rzymie i poświęcony przez papieża Jana Pawła II, został uroczyście wmurowany 15 sierpnia 1983 r. Projekt architektoniczny nowego kościóła wykonał arch.Antoni Mazur z Krakowa. Forma architektoniczna nawiązuje do najwyższego szczytu Pienin - Trzech Koron. Budowa trwała kilkanaście lat, której uwieńczeniem była uroczysta konsekracja dokonana przez biskupa Skworca 25 maja 1998 r.
Kościół jest dwupoziomowy. W części górnej znajdują się: nawa główna, prezbiterium, kaplica św.Kingi - Pani Pienin oraz dwupoziomowy chór muzyczny. W części dolnej znajduje się sarkofag ks. Blachnickiego, twórcy ruchu Światło - Życie, który zmarł na terenie Niemiec w 1987 r. Ciało jego sprowadzono i złożono w tym kościele w roku 2000. Najwyższym elementem tego kościoła jest wysoka ( 64 m) wieża na której zawieszone są trzy dzwony.
Niewielka figura Matki Bożej stojąca obok kościoła została wykonana w setną rocznicę objawień w Lourdes. Pierwotnie była ustawiona obok zerwanego mostu na rzece. Instalacji dokonano w nocy ponieważ nie uzyskano wcześniej zgody miejscowej władzy na jej ustawienie. Po jakimś czasie nieznani sprawcy uszkodzili figurę wrzucając ją do rzeki, jednakże ją odnaleziono i ustawiono na przykościelnym dziedzińcu. Kościół pw.Chrystusa Dobrego Pasterza w Krościenku nad Dunajcem jest wotum dziękczynnym za ocalenie życia papieża - Jana Pawła II.