Znajduje się na warszawskim Nowym Mieście przy ul. Zakroczymskiej 1. Zakon Franciszkanów przybył do Warszawy w 1646 roku. Zaczęli oni jednak myśleć o założeniu swojej siedziby w stolicy już w 1626 r. Motywem przewodnim – podobnie jak w przypadku Dominikanów – była chęć posiadania klasztoru w stolicy Rzeczypospolitej, w pobliżu centrum władzy świeckiej i duchownej. Ówczesny prowincjał na kapitule dowodził: „Mam […] w tych stronach publiczne i prywatne moje sprawy, to u nuncjusza, to u króla, dlatego posyłam często do Warszawy braci, którzy naturalnie bawią tam bez towarzystwa klasztornego, a co gorsza, stają po karczmach i poniewiera się ich karność zakonna”. Retorycznie więc zapytywał: „Czy to wypada tak?” Jednakże dopiero kilkanaście lat później w 1645 r., dzięki staraniom ojca Wincentego Skapity, franciszkanina, nadwornego kapelmistrza, król Władysław IV wydał odpowiedni dyplomat, wyrażający zgodę na osiedlenie się zakonników w Warszawie.
Owo osiedlenie nie przebiegało wszakże bez trudności. Wprawdzie Franciszkanie otrzymali plac od Jakuba Sosnowskiego, sekretarza królewskiego, przy rogu ulicy Przyrynek i Wójtowskiej, lecz okazał się on zbyt mały. Sprzedano go więc i kupiono grunt (z czasem powiększany) przy ul. Zakroczymskiej. Kłopoty finansowe powodowały, iż zakonnicy przez wiele lat nie mogli podjąć budowy trwałego, murowanego kościoła. Dopiero za czasów Jana III Sobieskiego – gdy nadwornymi teologami monarchy byli właśnie dwaj księża z zakonu Franciszkanów: Franciszek Biegański i Rafał Grabia – rozpoczęto wznoszenie świątyni, ale roboty przy niej trwały z przerwami ponad 70 lat. Okoliczności dziejowe sprawiły, że klasztor warszawski niejednokrotnie podupadał. Tak było w okresie Potopu Szwedzkiego, tak też było podczas zarazy, jaka nawiedziła stolicę w latach 1708-12, spośród zakonników ostał się wówczas zaledwie jeden, reszta bowiem pomarła.
Dopiero w XVIII w. Franciszkanie zaczęli zyskiwać znaczniejszą popularność i stawać się przez to konwentem zamożnym. O owej popularności świadczy fakt, iż właśnie ich chętnie powoływano na kapelanów, czy to u teatynów, czy u brygidek, czy wreszcie w Bractwie Niemieckim. Niejednokrotnie też zapisywano im miejskie nieruchomości, kamienice, który pomnażały dochody zakonu. W 1864 r. rząd carski dokonał kasaty klasztoru Franciszkańskiego. Kościół zaczął funkcjonować jako garnizonowy, zaś zabudowania mieszkalne dzierżawiono rozmaitym instytucjom lub sprzedawano osobom prywatnym. Dopiero w 1919 r. zakonnicy powrócili do swej dawnej warszawskiej siedziby.