Po II Wojnie Światowej liczba mieszkańców powstającej z ruin Warszawy stale rosła. Na Żoliborzu jedyną była parafia św. Stanisława Kostki. W związku z tym w grudniu 1949 r. w odpowiedzi na potrzeby wiernych ks. Abp. Stefan Wyszyński erygował nową parafię p.w. Dzieciątka Jezus. Pierwszym jej proboszczem został ks. Bronisław Piórkowski, który to rozpoczął budowę kaplicy na fundamentach zniszczonej w czasie Powstania Warszawskiego kamienicy przy ul. Stefana Czarnieckiego 15.
Ze względu na codzienną poranną Mszę Św., wnętrze kaplicy urządzano stopniowo. W 1952 r. na nabożeństwa przychodziło już tyle osób, że ks. Piórkowski zmuszony był wystąpić do władz o przyznanie terenu pod budowę nowej świątyni. Mimo decyzji odmownej, powiększył on kaplicę dobudowując nową część o długości 29 m i szerokości 8 m. Konsekwencją tego były represje władz komunistycznych, które to represje wszakże wstrzymały na kilka lat prace, ale ich nie zahamowały.
W 1959 r. wnętrze kaplicy było ukończone i urządzone. Następni proboszczowie systematycznie powiększali kaplicę, upiększali ją i uzupełniali jej wyposażenie. Od 1973 r. do 1979 r. dobudowano kancelarię i zakrystię, podwyższono ściany o 2 metry, wykonano nowy strop i nową ścianę ołtarzową, zmodernizowano instalację centralnego ogrzewania, uzupełniono i wymieniono umeblowanie i wyposażenie kaplicy.
Zbudowano stały ołtarz kamienny wg projektu W. Pieńkowskiego, zaś artystka malarka H. Szczypińska namalowała na prawej ścianie, bezpośrednio na cegle, stacje Drogi Krzyżowej. Od czerwca 1978 do maja 1979 wikariuszem parafii był ks. Jerzy Popiełuszko. Tablica upamiętniająca ks. Jerzego znajduje się w południowej części kościoła. Oprócz niej w ściany wmurowano jeszcze trzy inne tablice pamiątkowe: Żołnierzy Armii Krajowej Zgrupowania „Żaglowiec”, ks. Bronisława Piórkowskiego oraz ks. Romana Indrzejczyka.
Jesienią 2005 r. okazało się, że w wyniku dotychczasowej rozbudowy, kaplica stała się kościołem i zapomniano o wyświęceniu. Wyznaczono więc datę i przystąpiono do intensywnych prac... W prezbiterium umieszczono (po renowacji) figurkę Dzieciątka Jezus. Z Lisieux we Francji sprowadzono (dzięki uprzejmości tamtejszych Sióstr Karmelitanek) relikwie św. Teresy od Dzieciątka Jezus. Przygotowano również witraż przedstawiający Dzieciątko Jezus, Matkę Bożą i Św. Józefa w Betlejem. Na ścianach zawieszono 12 ceramicznych świeczników („Zacheuszki”) z imionami 12 apostołów.
Uroczystej konsekracji kościoła dokonał ks. prymas Józef Glemp w dniu 25 czerwca 2006 r. Cztery lata temu, w 2009 r., parafia obchodziła 60-lecie swojego istnienia.