Pierwsze rodziny wyznania ewangelickiego przybyły do Bisztynka ok. 1773 r., na początku ich spotkania odbywały się w sali ratusza. Nabożeństwa prowadzone były przez pastora z Galin, gromadzili się także tu w celach organizacyjnych.
W roku 1803 wybudowano dom parafialny, a w 1853 r. dobudowano do niego wieżyczkę. Idea wybudowania kościoła dla tej już sporej wspólnoty narodziła się w 1881 r. i miało to ścisły związek z wydanym zakazem użytkowania wspomnianego domu parafialnego, jego stan techniczny był wręcz katastrofalny. Kamień węgielny wmurowany został 10 listopada 1883 r., uczyniono to w rocznicę urodzin Marcina Lutra. Budowa trwała około 5 lat, została bowiem konsekrowana 29 listopada 1888 r. przez generalnego superintendenta D. Carus'a.
Jest to budowla murowana na planie prostokąta, utrzymana w stylu neogotyckim. Jako głównego budulca użyto tak popularnej wówczas czerwonej cegły licowej, do wykonania fundamentów wykorzystano ciosane kamienie polne. Nad całością góruje kwadratowa wysoka wieża ustawiona od frontu, jej dolna część pełni także role głównego portalu.
Świątynia przetrwała bez uszczerbku od chwili swojego powstania aż do 29 stycznia 1945 r., kiedy to została ostrzelana ogniem karabinów maszynowych i czego ślady do dziś można zobaczyć na murze od strony ulicy Findera. Najprawdopodobniej jako cel wybrano ściany aby wzbudzić strach i panikę wśród mieszkańców, którzy w dużej liczbie zgromadzili się wewnątrz kościoła.
Po zakończeniu wojny budynek stracił swoje religijne przeznaczenie, rozszabrowano też wyposażenie które w duże mierze zniknęło już w 1945 r. W powojennych latach urządzono tu magazyn mebli, ale w latach 70 – tych XX w nie jasnych okolicznościach skład spłonął. Miejska legenda mówi iż stało się tak dla ukrycia wysokich malwersacji.
W roku 2000 ks. proboszcz Stanisław Majewski rozpoczął starania o uratowanie tego zabytku, choć właściwie od chwili pożaru obiekt przedstawiał niemalże stan kompletnej ruiny. Po przywróceniu świetności planuje się tu otworzyć Oratorium św. Stanisława Kostki, służące jako miejsce spotkań i rozwoju dla młodzieży z Bisztynka i okolic. Ma tut również powstać kaplica pogrzebowa dla nowego cmentarza, umiejscowionego na starym cmentarzu ewangelickim przy ulicy Grodzkiej. Na chwilę obecną prace remontowe są nieukończone.
Dawny kościół ewangelicki wpisany został do rejestru zabytków w 1983 r.