Położona jest przy zbiegu ulic Zygmuntowskiej i Rajgrodzkiej. Historia tego miejsca znana jest z opowieści minionych pokoleń. Według nich przed laty w miejscu, gdzie obecnie znajduje się kaplica, ukazał się na dużym kamieniu Klęczący Pan Jezus dźwigający krzyż. W 1710 r. w czasie epidemii dżumy na rogatce na zachodnim krańcu miasta - przy drodze do Janówki - ustawiono w prowizorycznej budce figurkę Klęczącego Pana Jezusa. Przekazy ludzkie mówią, że: „Raz jechał jakiś Prusak, to znaczy Mazur, był ciekawy, co to za budka, i wszedł do niej. Ujrzawszy figurkę Pana Jezusa, pomodlił się, a widząc dookoła niej wielkie ubóstwo, rzekł: Panie Jezu, jak musi Ci tutaj być zimno i biednie, i wtedy wydało mu się, że Pan Jezus zatrząsł się z zimna”. Na wieść o tym wystawiono drewnianą kaplicę, do której zaczęli przybywać wierni i pielgrzymi.
Na początku XIX w. cieśla Tomasz Wasilewski, zwany Cimochem, za własne pieniądze wybudował nową kapliczkę. Osiedlił się przy niej i pielęgnował światło na ołtarzu. Liczni wierni doznający łask sławili to święte miejsce i czcigodnego Cimocha, a drewniana kaplica stała aż do II wojny światowej.
W 1944 r. podczas działań wojennych kaplica spłonęła. W 1955 r. ofiarnością i staraniem Klubu Parafian Augustowskich w Chicago oraz miejscowych parafian została odbudowana jako murowana. Były w niej odprawiane Msze św. w wyjątkowych intencjach wiernych. Przez cały czas, do 1992 r., opiekę nad kaplicą sprawował kościół Serca Jezusowego, po czym przejął ją kościół pw. św. Jana Chrzciciela na Borkach.
Do kaplicy tej przez cały czas przybywali i przybywają wierni i pielgrzymi. Wielu z nich doznało tu szczególnych łask i uzdrowień. Nazwano ją Kaplicą Pana Jezusa Klęczącego słynącą łaskami… Podczas nabożeństw, które ciągle są tu odprawiane, nadal wiernymi zapełnia się nie tylko niewielka kapliczka, ale cały okoliczny teren. Augustowianie to miejsce traktują jako bardzo ważne i sentymentalne…