Pierwsze wiadomości o świątyni w Neplach pochodzą z 1686 r. Wówczas to staraniem Adama Skaszewskiego powstała drewniana cerkiew unicka. Niestety już w 1726 r. stan jej pozostawiał dużo do życzenia. Do dziś po dawnej cerkwi nie pozostał ślad.
Obecny kościół parafialny to murowana świątynia wzniesiona w roku 1769, staraniem ówczesnych właścicieli dóbr nepelskich - rodziny Niemcewiczów. Od 1874 do 1918 budynek zajmowali Rosjanie, zamieniając go na cerkiew prawosławną. Rekoncyliowany w 1918 roku, służy od 1919 r. jako kościół parafialny.
Budowlę warto zobaczyć. Została wzniesiona została na planie prostokąta z absydą i zakrystią, w stylu późnego baroku podlaskiego. Fasada budynku jest oszczędna w formy zdobnicze. Cztery pilastry dzielą fronton na trzy części. Skrajne jego segmenty wyposażono w konchowe nisze, w których ustawiono figury Pana Jezusa (po prawej stronie) i Matki Bożej po lewej. W środkowej części znajdują się prostokątne, okute drewniane drzwi, a nad nimi płycina z krzyżem i datą budowy kościoła (1769).
We wnętrzu na uwagę zasługuje barokowy ołtarz główny z obrazem Chrystusa Ukrzyżowanego - prawdopodobnie z drugiej połowy XVIII w. W kościele umieszczono epitafia: Franciszka Ursyna Niemcewicza - sędziego ziemskiego województwa brzeskiego (zm. 1795) i jego żony Anny z Korycińskich (zm. 1790), oraz Ignacego Ursyna Niemcewicza - radcy województwa podlaskiego(zm. 1816), ufundowane przez jego brata Stanisława, gubernatora grodzieńskiego. Ponadto jest też tablica pamiątkowa poświęcona unitom z parafii w Neplach.
Na przykościelnym placu stoi inna atrakcja Nepla - stara, dwukondygnacyjna, drewniana dzwonnica z 2 poł. XIX w., zbudowana na rzucie kwadratu.