Parafia w Bartołtach istniała już w XIV w., a można to wywnioskować przede wszystkim z aktu lokacyjnego wydanego 8 września 1379 r. przez biskupa warmińskiego Henryka Sorbona. W dokumencie tym zatwierdził on wyposażenie parafii, co według ówczesnego zwyczaju było to również momentem jej erekcji.
Dokładnie nie wiadomo kiedy wybudowano tu pierwszy kościół, ale pewne jest, że uległ on zniszczeniu w 1565 r. Nową świątynię wystawiono dość szybko, gdyż konsekrowana została 14 marca 1578 r. przez biskupa Marcina Kromera. Niestety ten obiekt także spłonął, najprawdopodobniej podczas działań wojennych między rokiem 1617 a 1620. Na nowy Dom Boży trzeba było czekać aż do początków wieku XVIII, kiedy to w 1702 r. nową świątynię konsekrował biskup Andrzej Tumski. Wtedy to też za patronów tego miejsca obrano św. Jakuba Apostoła oraz św. Stanisława Kostkę.
Wiek XIX to ponownie niefortunny okres dla tej miejscowości. Wojny napoleońskie doprowadziły kościół do ruiny i to w takim stopniu, że w 1824 r. władze administracyjne zabroniły odprawiania w nim nabożeństwa i wieś przyłączono do parafii w Ramsowie. Do remontu i częściowej przebudowy przystąpiono dopiero w 1842 r. Prace te zakończono w 1862 r. wybudowaniem drewnianej dzwonnicy, którą w 1897 r. zastąpiono konstrukcją murowaną. Rok 1862 r. to też data, kiedy po długiej przerwie mianowano nowego proboszcza, i od której liczy się ponowne powołanie parafii.
Obecna świątynia pod wezwaniem św. Jakuba Apostoła to budowla ze zlepkiem elementów z różnych wieków. W ukształtowaniu jej bryły widać wpływy gotyckie współistniejące z barokowymi detalami architektonicznymi i elementami dekoracji wnętrza. Kościół jest orientowany, salowy, murowany z cegły i z wyjątkiem wieży w całości otynkowany. Większość wyposażenia pochodzi z XIX w. Z czasów wcześniejszych zachował się barokowy ołtarz główny z około 1700 r., rokokowa ambona czy renesansowa płyta nagrobna Michała Lubieńskiego z 1624 roku.
Warto też zwrócić uwagę wewnątrz na drewniany strop z XVIII w. w prezbiterium, posiada on ciekawą dekorację stiukową.
W roku 1968 kościół w Bartołtach Wielkich wpisany został do rejestru zabytków.