W roku 1845 uruchomiona została linia kolejowa Opole – Gliwice, a wraz z nią budowano dworzec kolejowy zwany w owym czasie przystankiem Koźle (Anhaltepunkt Kosel).
Pierwszy dworzec zlokalizowany był pomiędzy obecnym II i III peronem i był kilkakrotnie rozbudowywany. W pierwszych latach XX wieku przystąpiono do modernizacji stacji kolejowej wykonując między innymi bezkolizyjny wiadukt pod torami oraz przystąpiono do budowy nowego dworca poza torami. Budowę dworca rozpoczęto w 1912 roku od wyburzenia budynków stojących w rejonie placu budowy. Po pracach trwających około 2,5 roku miało miejsce jego otwarcie w 1915 r.
W latach 2014-2015 przeprowadzono remont dworca kolejowego. Podczas remontu między innymi odnowiono elewacje i wyremontowano wnętrze obiektu dostosowując go dla potrzeb niepełnosprawnych.