Na przełomie XIX i XX w Sejnach zamieszkiwała spora grupa członków kościoła ewangelicko-augsburskiego. W 1940 r. liczyła ona ok. 400 osób. Niewielki murowany zbór w stylu neogotyckim ewangelicy wybudowali w 1844 r. Ma on jednonawową konstrukcję bez wyodrębnionego prezbiterium, krytą dwuspadowym dachem. Na wejściu znajduje się wieża na planie kwadratu. Budynek zboru otoczony jest murowanym murem z ciekawą bramą.
Ewangelicka społeczność Sejn nie miała swojego pastora, a nabożeństwa odprawiane były przez niższego rangą kantora. Kościół należał do ewangelików do 1945, kiedy to został przejęty przez katolików i przeznaczony na kościół garnizonowy pod wezwaniem Matki Boskiej Częstochowskiej. Obecnie kościół pełni funkcje pomocnicze i jest sporadycznie wykorzystywany. Od 1989 r. budynek wpisany jest do rejestru zabytków.