W Sękowej warto zobaczyć drewniany kościół pw. św. św. Filipa i Jakuba. Został wzniesiony z modrzewiowego drewna ok. 1520 r., w stylu gotyckim. W XVII w. dostawiono do niego wieżę i dodano podcienia zwane sobotami. Tworzyły one szerokie okapy, które dawały schronienie wiernym oraz zabezpieczały ściany przed deszczem i śniegiem. Świątynia mocno ucierpiała podczas I wojny światowej. Zimą na przełomie 1914 i 1915 r. w pobliżu przebiegała linia okopów austriackich. Drewniany materiał ze ścian i dachu posłużył żołnierzom do konstrukcji umocnień lub jako opał. Zniszczeniu uległa wówczas większość XVI- i XVII-wiecznego wyposażenia, ale po odzyskaniu niepodległości w 1918 r. kościół pieczołowicie odbudowano. Dzięki temu dziś można podziwiać jego piękną sylwetkę ze strzelistym dachem i sobotami sięgającymi niemal ziemi. W 2003 r. zabytek został wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturowego i Przyrodniczego UNESCO.
Chociaż wiadomo, że parafia i wieś powstały na mocy przywileju wydanego w Bieczu w 1346 r. przez Kazimierza Wielkiego, to początki świątyni są dość tajemnicze. Dziwi jej nietypowe usytuowanie w zakolu rzeczki Sękówki. Dlaczego wybrano ten teren? Podobne obiekty przeważnie stawiano na wzgórzach, m.in. aby uchronić je przed skutkami powodzi. Według legendy, surowce do budowy, początkowo gromadzone w innym miejscu, co noc same "powracały" nad wodę, aż konstruktorzy musieli dać za wygraną. Faktem jest, że w ciągu kilku wieków kościół stojący nad kapryśną górską rzeką ani razu nie został zalany...