Cystersów do Jemielnicy sprowadził w 1282r.książę opolski Bolko, który w tej części Śląska Opolskiego, w terenie równinnym, pełnym zieleni, nad uroczym stawem, wzniósł prowizoryczne drewniane budynki dla zakonników, a jego syn Albert ufundował kościół i klasztor. Posługujący się regułą benedyktyńską zakon spowodował, że w Jemielnica w krótkim czasie stała się okolicznym ośrodkiem kulturalnym, a także wprowadzającym postęp w zacofanym rzemiośle i rolnictwie na pustkowiach lewego brzegu Małej Panwi.
Rozwinęli młynarstwo, uprawy roślin zbożowych, chmielu, winorośli oraz hodowlę owiec i krów. Wykorzystując nie skażone tereny i czyste wody zajęli się także hodowlą pszczół i ryb. Wielu osiadłych na tej ziemi zakonników szczyciło się akademickim wykształceniem stąd działająca tu bogata biblioteka z wieloma wartościowymi pozycjami. Z klasztorem związał się znakomity kompozytor sakralnej muzyki barokowej Johannes Nucius, późniejszy jego opat, którego twórczość spowodowała, że mówiono głośno o wsi poza granicami. Cystersi prowadzili tu szkołę świadcząc równocześnie usługi duszpasterskie na rzecz okolicznej ludności. Systematycznie utrzymywali kontakty z polskim dworem królewskim m.in. w 1638r. gościli tu dwór króla Władysława IV, a podczas potopu szwedzkiego udzielali schronienia polskim uciekinierom. W 1641r. wieś godnie przyjęła legata papieskiego Casereanusa, a w 1648r. książę szwedzki Karol, późniejszy król Karol X Gustaw co świadczyło o randze zakonu.
Jemielnicy nie omijały nieszczęścia i klęski wojenne. W 1428r. przez wieś przeszły wojska husyckie plądrując i paląc wszystko co się dało. Zniszczony klasztor dzięki determinacji cystersów szybko odbudowano. W 1617r. ogień strawił znaczną część wsi nie szczędząc klasztoru, przyklasztornych młynów, a najbardziej żal biblioteki, gdzie spłonęła znaczna część cennego księgozbioru. Wojna trzydziestoletnia, przechodzące tędy w 1627r. wojska Mansfelda zniszczyły doszczętnie wieś i podpaliły klasztor. Rok 1664r., podczas procesji ku czci św. Bernarda, orędownika klęsk żywiołowych, sztormów, na ironię losu nastąpił pożar. Uczestnicy przerywając uroczystości przystąpili do ratowania opactwa.
W dniu 13.04.1733r. następna klęska, pożar spowodowany przez miejscowego piwowara, ogarnął całą wieś, nie oszczędzając zabudowań klasztornych. Mieszkańcy przystąpili do odbudowy zniszczeń i w 1740r. przywrócono świetność opactwu. Jak w życiu, nie zmogła cystersów pożoga i klęski żywiołowe, potrafili się podnieść z nieszczęść, pokonani zostali przez swady i niesnaski. Mimo, że miejscowa ludności zawsze była przychylna zakonnikom, jednak w 1794r. ówczesny przeor Eugen Staniczek wszedł w konflikt z miejscowym chłopstwem, na którego czele stanął Marek, zwany później Prawym.
Przedmiotem protestu były nadmiernie eksploatowane przez cystersów okoliczne lasy, co wzburzyło chłopów i zagrozili samowolą i podjęciem buntu. Obawiające się rewolucji władze pruskie, aresztowały Marka Prawego skazując go na chłostę, którą wykonano na rynku w Opolu. Spór skończył się w zasadzie tym, że w 1810r. król pruski przejął majątek cystersów likwidując klasztor, co było zakończeniem działalności cysterskiej w Jemielnicy. Po tym fakcie, ówczesny przeor zakonu, Eugene Staniczek napisał w księgach metrykalnych;” O godzinie czwartej po południu Umarł Klasztor”.
Tak nastąpił smutny koniec historii zakonu w Jemielnicy, do której już nigdy cystersi nie wrócili.