Pierwszy kościół w Słupsku i parafia istniały już w XII w., w siedzibie kasztelana. Miejscowość należała do diecezji kamieńskiej. W 1217 r. książe gdański Świętopełk zajął księstwo słowiańsko-słupskie i od tego czasu władze kościelną sprawował tu arcybiskup gnieźnieński, który ustanowił nawet odrębny Archidiakonat Słupski należący do Gniezna i istniejący aż do roku 1317 r. W Słupsku rezydował biskup Dominik - sufragan gnieźnieński.
W 1281 r. wymieniony jest kościół św. Piotra - obecnie Najświętszego Serca Jezusowego. Kościół ten był zapewne drewniany i wzniesiony prawdopodobnie na miejscu dawnego kultu pogańskiego. Następny kościół wzniesiony był w XIV w. Murowany, gotycki, który spłonął w 1616 r. odbudowany został i rozbudowany w 1697 r.
W latach sześćdziesiątych XIX w. został rozebrany, a na jego miejsce w 1865 roku wybudowano nowy, neogotycki, obecnie istniejący. Wspaniała polichromia prezbiterium została wykonana na przełomie lat 50-tych i 60-tych XX w. przez artystę malarza Drapiewskiego.