W roku 1947 na teren ówczesnego powiatu lidzbarskiego przesiedlono kilka tysięcy Ukraińców, była to konsekwencja przeprowadzonej właśnie w tym okresie przymusowej Akcji „Wisła”. Całe te przedsięwzięcie miało na celu wchłonięcie ludności tego pochodzenia, oderwanie ich od macierzy i własnej dawnej kultury. Większość Ukraińców była wyznania grekokatolickiego a więc można też powiedzieć, że celem działań władz było również odizolowanie tej społeczności od ich religii.
W konsekwencji tych wszystkich zabiegów aż do 1956 roku Ukraińcy nie posiadali żadnych praw, nie godzono się nawet na odprawianie mszy w obrządku greckokatolickim w rzymskokatolickich kościołach. Cała ta sytuacja zmieniła się dopiero właśnie po wspomnianym roku 1956, kiedy to po wielu staraniach udzielono zgody na sprawowanie liturgii.
Grekokatolicy z Dobrego Miasta swoją świątynię otrzymali w 1957 roku, rok później powstała tu parafia. Obecna cerkiew pod wezwaniem św. Mikołaja to dawny kościół, zbudowano go w latach 1736 - 1741 na podstawie zezwolenia biskupa Krzysztofa Szembeka. Świątynia została wystawiona na miejscu gdzie kiedyś znajdował się cmentarz dla przestępców, była tam też drewniana kaplica poświęcona również św. Mikołajowi. Do roku 1945 kościół pełnił rolę kaplicy szpitalnej.
Obecna cerkiew posiada bardzo ciekawy wystrój wnętrza, gdyż wśród barokowych ołtarzy z XVII w. umieszczono współczesny ikonostas. Budowlę wpisano do rejestru zabytków już w 1949 roku, umiejscowiona jest na skrzyżowaniu ulic Grunwaldzkiej i Olsztyńskiej.