W 1782 r. powstał nowy warszawski cmentarz, nazwany Świętokrzyskim, przy dzisiejszej ulicy Wspólnej. Od samego początku towarzyszyły mu problemy. Najpierw niechętnie chowano na nim zmarłych, później okazało się, że wody podskórne zagrażają bezpieczeństwu sanitarnemu i w 1836 r. ówczesne władze zamknęły nekropolię.
Teren cmentarza podlegał stopniowej degradacji, a wraz z nim maleńki cmentarny kościółek. W latach 80. XIX w. rozpoczęto budowę nowego kościoła na terenie nekropolii. Dzięki temu przetrwała dzisiejsza kaplica św. Barbary, którą zachowano z całego wcześniejszego założenia. W 1944 r. Niemcy wysadzili kompleks zabudowań parafii św. Barbary. Odbudowano go w latach 1945-1957 wraz z klasycystyczną kaplicą.
Ciekawym elementem budowli, na który warto zwrócić uwagę, jest napis znajdujący się nad wejściem o treści: „Na większą chwałę Boga, ku wiecznemu zbawieniu dusz wiernych, i tymczasowemu spoczynkowi ich śmiertelnych ciał, ten cmentarz z własną kaplicą przy warszawskiej parafii Świętego Krzyża, za panowania najjaśniejszego króla Stanisława Augusta, przez biskupa [tego] miejsca i najwyższego kanclerza królestwa, jaśniewielmożnego i najczcigodniejszego Antoniego Okęckiego założony w roku pańskim 1783, i dziewiątego sierpnia przez tego samego kapłana konsekrowany nazajutrz po poświęceniu kaplicy”.