Dzieje kościoła sięgają początków wsi Bertholdsdorf (polska nazwa Biertułtowice), później Komorowice. Drewniany kościółek, był zalążkiem erygowanej w 1457r. parafii granicznej, ponieważ przez stulecia przebiegała tędy granica państwa wymuszająca podział na Komorowice Krakowskie i Komorowice Śląskie. Kościółek przez długie lata scalał podzielone społeczeństwo katolickie i protestanckie tego terenu.
Świątynię systematycznie rozbudowywano. W 1658r. konsekrowano ołtarz pw. św. Jana Chrzciciela, na początku XVIII wieku dodano chór muzyczny z organami, rozbudowano wieżę i „zawieszono” nowy dzwon. Ok. 1766r. teren Komorowic nawiedziła tragiczna, dokonująca znacznych zniszczeń powódź nie szczędząca kościoła. Dzięki zaangażowaniu parafian szybko został odbudowany.
W okresie międzywojennym powstał „pomysł” - inicjatywa budowy murowanego kościoła. Rozpoczęte w 1921r. prace zakończono przed samą II wojną światową. Wznoszony w stylu neogotyckim, z elementami modernizmu, według projektu architekta Emanuela Rosta juniora stanął w sąsiedztwie drewnianej świątyni. Początkowo nie bardzo wiedziano co zrobić ze starym kościółkiem, ale ostatecznie zdecydowano, że pozostał na swoim miejscu jako obiekt małopolskiej drewnianej kultury sakralnej - do zakończenia wojny.
W 1949r., dzięki staraniom prof. Karola Estreichera umieszczony został jako zabytek w skansenie w Woli Gustowskiej, a na jego miejscu w 1955r. Na pamiątkę, wzniesiono wykonany przez bielskiego artystę Ryszarda Sroczyńskiego pomnik Jana Chrzciciela.
Wnętrze „nowej” świątyni zachwyca swoim pięknem i rozwiązaniami architektonicznymi. Przyciągają wzrok ciekawe krużganki na II kondygnacji i interesujący, kasetonowy sufit. Najważniejszym zabytkiem jest pochodzący ze starego, drewnianego kościółka XVIw. obraz Najświętszej Maryi Panny z Dzieciątkiem. Późnogotycki, namalowany na desce ze złotym tłem wg. szkoły Wita Stwosza, umieszczony w nastawie ołtarza głównego, w otoczeniu drewnianych figur św. św. Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty.
Również znajdujący się w lewej nawie ołtarza obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem z II połowy XVIII wieku jest pamiątką po drewnianym kościółku. Interesującymi elementami wewnętrznego wystroju są znajdujące się w prezbiterium, wykonane w 1930r. przez firmę Żeleńskiego witraże postaci św. św. Wojciecha i Stanisława, a także przedstawiające sylwetki świętych okna witrażowe znajdujące się na chórze. Całości wystroju dopełniają neogotyckie umeblowanie, stacje Drogi Krzyżowej w formie płaskorzeźb, duży kamienny krzyż z 1930r. w kruchcie, kasetonowe sufity w kruchcie i nad nawą główną.