Dzisiejsze osiedle Grodzisk w Dzielnicy Białołęka do 1977 r. było wsią leżącą poza granicami Warszawy. Rozwijająca się stolica wchłonęła w tym roku zarówno Grodzisk, jak i sąsiadujące z nim wsie. Dziś dookoła rozciągają się nowe osiedla apartamentowców i domów jednorodzinnych. Grodzisk swoje początki miał w X wieku, kiedy był osadą targową stanowiącą początkowo własność książęcą, z czasem przejętą przez dobra królewskie. Osada w XVI w. rozwijała się wokół stojącego tu kościoła. Jego powstanie przypisywane królowej Bonie w 1534 r., nie do końca zostało udokumentowane.
Ciekawie brzmi legenda z XVI w. mówiąca, że oto owdowiała Bona otrzymała w formie odprawy pośmiertnej znaczne dobra na Mazowszu. Wśród nich znalazły się tereny Grodziska. Królowa podczas pobytu w osadzie zasłabła, a w podzięce za wyzdrowienie ufundowała mały, drewniany kościółek. W 1602 r. z nadania Zygmunta iII Wazy kościół i Ziemia Grodziska otrzymali we władanie benedyktyni z Pragi. To z ich dokumentów pochodzą pierwsze pisane wzmianki o kościele.
Benedyktyni opiekujący się Grodziskiem i okolicznymi wsiami wznieśli przy świątyni niewielką siedzibę, w której przebywało kilku zakonników. Okres najazdu szwedzkiego w XVII w. zakończył się zniszczeniem świątyni w Grodzisku. Po latach w 1716 r. benedyktyni odbudowali kościół z drewna modrzewiowego, którego dach pokryto gontem i zwieńczono sygnaturką z żelaznym krzyżem. Dwadzieścia lat później w dzwonnicy zawisły dwa spiżowe dzwony. W 1811 r. w wyniku likwidacji bernardyńskiego kościoła na Pradze do grodziskiej świątyni trafiły cztery ołtarze oraz figury świętych.
Bernardyni władali kościołem św. Michała Archanioła do kasaty zakonu w 1864 r. Później będąc filią parafii Matki Boskiej Loretańskiej na Pradze stracił znaczenie na rzecz nowej parafii powołanej w Markach. W czasie II wojny światowej modrzewiowa świątynia uległa uszkodzeniom, które usunięto w 1954 r. Od 1958 r. służyła jako filialny kościół parafii w Markach. W 1975 r. wyodrębniono w dekanacie bródnowskim nową parafię obejmującą Grodzisk i kilka sąsiednich wsi, której centrum stanowił kościół św. Michała Archanioła.