Nie istniejący. Został założony przez Bractwo Miłosierdzia (pod takimże wezwaniem), powstałe w 1584 r. z inicjatywy Jezuity, sławnego kaznodziei, księdza Piotra Skargi. Potrzebę tego rodzaju instytucji zrodziły skutki sejmowego zjazdu w Warszawie, kiedy to „wielu ludzi […] w gnoju chorych […] na ulicach umierało”. Był przeznaczony dla ubogich, a przede wszystkim dotkniętych „szpetnymi słabościami”, czyli chorych wenerycznie. Z dolegliwością tą nie umiano sobie poradzić, toteż nie leczono, lecz raczej udzielano schronienia osobom zarażonym, wyrzucanym najczęściej na ulicę i zakopywanym w gnoju. Przez długi czas bowiem w potocznej opinii utrzymywało się przekonanie, że jest to jedyny sposób uzdrawiania.
Jeszcze w połowie XVIII w. ze zgrozą pisali o tym odwiedzający stolicę obcy przybysze: „Widzieliśmy (czego nie uwierzą obce narody) w Warszawie, przed kilką laty, w kupach gnojów końskich […], jako glisty i robaki, nagich ludzi wyglądających […] i tamże pomarłych”. Budynek szpitala wystawiono w latach 1591-96, na gruncie ofiarowanym przez sukcesorów arcybiskupa gnieźnieńskiego Jakuba Uchańskiego, pomiędzy murami Starego Miasta a ulicą Mostową.
Około 1621 r. na miejscu drewnianej budowli stanął gmach murowany, w następnych latach (m.in. ok. 1630, 1648) jeszcze nieco rozszerzany: jednopiętrowy, pięcioosiowy, mieszczący na parterze, podzielonym sienią, kuchnię i spiżarnię z jednej strony, a dwie sale dla chorych z drugiej. W latach 1671-75 dobudowano doń niewielką kaplicę, a w 1677 r. założono opodal niej cmentarz. W tej postaci cały szpital utrwalił na akwareli „Widok wieży Marszałkowskiej i szpitala św. Łazarza” – Zygmunt Vogel w 1785 r.
Około 1765 r. przy ulicy wzniesiono jeszcze jeden gmach – infirmerię, w której pomieszczono chorych, podczas gdy w starym budynku znajdowało się schronisko dla biedaków oraz mieszkanie szpitalnego prowizora. Od 1789 r. działała tu także publiczna apteka. W 1832 r. szpital przeniesiony został na ulicę Bracką. Pozostałe gmachy, sprzedane prywatnym właścicielom, były w późniejszych czasach przebudowywane. Uległy częściowemu zniszczeniu w 1944 r. Jeden z nich – kamienicę przyuliczną nr 9/9A – odbudowano, z bardzo dużymi wszakże zmianami.