Znajduje się przy południowej nawie kościoła. Gotycko-renesansowa, na rzucie kwadratu, czterokondygnacyjna, oszkarpowana, z ostrołukową bramą przejazdową w przyziemiu. Nakryta dachem siodłowym ze schodkowymi szczytami. Wzniesiona w 1 połowie XVI w. Otynkowana w 1781 r. W 1912 r. odnowiona w celu przywrócenia jej pierwotnej, ceglanej postaci. W 1936 r. restaurowane wątki gotyckie w murach. W 1944 r. częściowo zburzona. Odbudowana w latach 1947-52 pod kierunkiem Haliny Kosmólskiej. Restaurowana w 2012 r. XIX-wieczny varsavianista Franciszek Ksawery Kurowski zanotował interesującą legendę na temat powstania dzwonnicy:
„Pomiędzy podeszłymi ludźmi […] utrzymuje się podanie, że zamożny młynarz wystawił tę wieżę, a to z tego powodu. Przy majątku znacznym dzieci mu się chować nie chciały, znużony snem miał ostrzeżenie, że jeżeli chce zyskać opiekę nieba, niech idzie na górę przy brzegach Wisły i tam wystawi […] kaplicę. Przyszedł właśnie na to miejsce i znalazłszy już fundamenta na kościół, postawił obok niego wieżę. Kamień młyński umieszczony nad fundamentami blisko ziemi, dotychczas się znajdujący, utwierdza ludzi w tym mniemaniu”. Ostatni i jedyny zresztą argument „potwierdzający” prawdziwość podania można łatwo obalić, gdyż w rzeczywistości widoczne w przyziemiu kamienie są zwykłymi głazami narzutowymi, użytymi do wzmocnienia budowli.
Najstarsze odnotowane w aktach miejskich nazwisko artysty-rzemieślnika przy „fabryce” parafialnych budowli pochodzi z ok. połowy XVI w. W 1548 r. bowiem obywatel Starej Warszawy, ludwisarz Maciej Mrugawka – wywodzący się z rodu, w którym fach ten przechodził z ojca na syna – odlał dzwon na wieżę nowomiejskiego kościoła. Ze swego zadania musiał wywiązać się znakomicie, skoro wkrótce zlecono mu wykonanie kolejnego, a jako wynagrodzenie zań otrzymał w 1561 r. „11 kop groszy”.
Przypuszczalnie zawieszenie dzwonów zakończyło prace przy budowie i ozdabianiu dzwonnicy renesansowymi szczytami. Przez kilka stuleci dzwonnicę od strony zachodniej dekorował zegar. Najstarsza o nim wzmianka zachowała się w wizytacji z 1641 r. Instalując go w tak wyniosłym punkcie, nie funkcje wyłącznie estetycznie miano na względzie, lecz przede wszystkim praktyczne, podawał on bowiem dokładny czas mieszkańcom Warszawy w dobie, gdy niewielkie zegarki kieszonkowe były jeszcze przedmiotem luksusu.