W początkach XX w. w Warszawie powstał nowy ośrodek religijny przy ulicy Łazienkowskiej, który służył mieszkańcom okolicznych ulic. W 1908 r. oddano do użytku niewielką kaplicę. Po upływie niespełna dziesięciu lat ówczesny metropolita warszawski kard. Aleksander Kakowski erygował w 1917 r. nową parafię, która otrzymała wezwanie Matki Boskiej Częstochowskiej. Rok wcześniej rozpoczęto prace budowlane przy nowej świątyni. Kościół zaprojektował już w 1912 r. architekt Hugon Kudera, jednak cztery lata trwały zabiegi u carskich władz Warszawy o zezwolenie na jego budowę. Kościół wznoszony etapami konsekrowany został w 1933 r., ale do ostatecznego zakończenia inwestycji nie doszło przed wybuchem II wojny światowej.
W czasie powstania warszawskiego kościół MB Częstochowskiej pełnił funkcję szpitala powstańczego. Świątynia legła w gruzach po nalocie hitlerowskiego lotnictwa, grzebiąc w swoich ruinach rannych. Po wyzwoleniu Warszawy ruiny prowizorycznie zabezpieczono. Przez lata nabożeństwa prowadzone były w uszkodzonej świątyni przy ulicy Łazienkowskiej.
Kiedy pod koniec lat 60. pojawił się projekt budowy Trasy Łazienkowskiej, władze wyraziły zgodę na przeniesienie parafii z ulicy Łazienkowskiej na ulicę Zagórną 5. Tam też wzniesiony został w latach 1979-1983 nowy kościół parafialny. Na początku lat 70. rozebrana została fasada frontowa dawnego kościoła parafialnego. Jednocześnie przystąpiono do odbudowy i rozbudowy świątyni. Projekt przygotowali i czuwali nad jego realizacją architekci Tomasz Turczynowicz, Anna Bielecka i Piotr Walkowiak. Autorzy nadali kościołowi oraz zespołowi towarzyszących mu budynków formę średniowiecznego zamku. W nowe bryły wkomponowano przedwojenne fragmenty budowli. Budowa kościoła, który otrzymał nowe wezwanie Matki Bożej Jerozolimskiej, zakończyła się w 1983 r.
W zespole kościoła przy ulicy Łazienkowskiej mieszczą się m.in. Ośrodek Duszpasterski Rodziny Rodzin im. Stefana Kard. Wyszyńskiego, siedziba Radia Plus Warszawa (dawniej Radio Józef), a od 2010 r. Monastyczne Wspólnoty Jerozolimskie (męskie i żeńskie).