W dwudziestoleciu międzywojennym podwarszawskie Włochy zaczęli zasiedlać nowi mieszkańcy, wśród których było wielu wyznawców religii ewangelicko-augsburskiej. Ponieważ od świątyni parafii Świętej Trójcy, do której należeli, dzieliła ich znaczna odległość, rozpoczęli starania o ustanowienie we wsi kościoła filialnego.
W powstaniu świątyni duży udział mieli właściciele wsi - Koelichowie. Najpierw udostępnili ewangelikom pomieszczenia w swoim pałacu, a następnie podarowali działkę pod budowę kościoła. Ewangelicy z Włoch otrzymali w 1936 r. od Koelichenów teren o powierzchni około 2000 m kw. położony na brzegu glinianki w Starych Włochach.
Początkowo stanął na nim dom parafialny z salką. Nabożeństwa w niej odprawiał ks. Mieczysław Rüger. Społeczny komitet budowy kościoła, do którego należeli najważniejsi przedstawiciele gminy, zlecił opracowanie jego projektu architektom braciom Goetzenom. Niewielką świątynię poświęcono w styczniu 1939 r., ale prace wykończeniowe trwały jeszcze jakiś czas.
Niewielki kościółek uległ uszkodzeniom w czasie II wojny światowej. Po wyzwoleniu Włoch w latach 1946-1950 ewangelicka społeczność osiedla sukcesywnie remontowała swoją świątynię. Nabożeństwa do kościoła nad Glinianką Krańcową powróciły w 1951 r. Malejąca grupa wiernych doprowadziła do ograniczenia ilości mszy do dwóch w miesiącu.
Obecnie opiekujący się kościołem kapłani próbują zachęcić do jego odwiedzania wiernych z innych części Warszawy.