Parafia powstała w 1443 r. W latach 1913-14 wzniesiono świątynię według projektu Juliana Lisieckiego. Był to pierwszy murowany kościół w tym miejscu, a jego głównym fundatorem był właściciel Zator książę Maciej Radziwiłł. Została ona zniszczona w wyniku działań wojennych w 1915 r. Ocalała jedynie ściana z obrazem Matki Bożej. Biorący udział w walkach niemiecki płk Hunebach uznał to za cud i napisał o tym wiersz (może ktoś go odnajdzie).
W latach 1924-26 zbudowano obecny kościół. Projektantem był znów Julian Lisicki oraz Łukasz Wolski. Jest to budowla salowa z wieżą z boku elewacji frontowej. Kościół jest ceglany, otynkowany i "podtrzymywany" szkarpami z bloczków granitowych, co nadaje całości bardzo ładny wygląd. We wnętrzu są malowidła ścienne wykonane przez Bronisława Bryknera. Alabastrowy ołtarz boczny z obrazem św. Małgorzaty ufundowali w 1935 r. Maria i Piotr Bagniewscy, kolejni właściciele majątku Zatory. W drugim ołtarzu bocznym znajduje się obraz Matki Boskiej Chełmskiej (XIX-XX w.) w póżnobarokowej sukience z połowy XVIII w. Przy kościele, od północy stoi plebania z 1916 r.
Jerzy Kasprzycki w swym wspanialym dziele "Korzenie miasta. Warszawskie pożegnania" w tomie IV podaje, że państwo Bagniewscy przed zakupem w 1925 r. majątku Zatory posiadali - wówczas podwarszawskie - Okęcie. Była to rodowa majętność pani Marii Bagniewskiej z domu Łabędzkiej. W latach trzydziestych XX w. sprowadzili z Zator do Okęcia drewnianą kaplicę, która służyła wiernym w parafi przy ul. Hynka do lat osiemdziesiątych. Nie zdołałem ustalić okoliczności jej powstania, ale najpewniej była to prowizoryczna kaplica zbudowana po zburzeniu kościoła zatorskiego w 1915 r.