Zakroczym był jednym z najstarszych grodów na Mazowszu. Pierwsze wzmianki historyczne sięgają średniowiecza, kiedy to w 1065 r. Bolesław Śmiały wydał akt tzw. „Falsyfikat Mogileński”, który to zobowiązywał gród do opłat i danin na rzecz klasztoru benedyktynów z Mogilna.
Nazwa miejscowości pochodzi od „zakrotu”, co oznaczało przekraczać rzekę. Dzięki położeniu nad Wisłą, mieszkańcy zajmowali się handlem zbożem i drewnem poprzez wykorzystanie nurtu rzeki. W 1374 r. Zakroczym został stolicą Ziemi Zakroczymskiej. W grodzie odbywały się liczne zjazdy. W dniu 8 czerwca 1335 r. w grodzie zostało odnowione porozumienie pomiędzy księciem Ziemowitem I Trojdenem i wielkim mistrzem krzyżackim Teoderykiem de Aldenbruch.
W czasie panowania Kazimierza Wielkiego został wzniesiony murowany zamek. W 1442 r. Zakroczym uzyskał prawa miejskie nadane przez księcia Janusza I na prawie chełmińskim, a następnie w 1488 r. akt potwierdzenia przez księcia Bolesława IV. Miasto przeżywa rozkwit, przez co wiele wybitnych osób zamieszkuje i wywodzi się z Zakroczymia, a są to m.in.: Erazm z Zakroczymia, który był budowniczym pierwszego mostu na Wiśle w Warszawie, Jan - kasztelan zakroczymski i ojciec św. Stanisława Kostki, oraz Andrzej Noskowski, który był biskupem płockim.
W latach 1656-57 wojska szwedzkie zajęły i częściowo zniszczyły miasto, a następnie w 1709 r. zostało całkowicie zniszczone przez wojska Karola XII. Do wyludnienia miasta w tym okresie przyczyniała się również epidemia, która była zwana morową zarazą, a z czasem przybrała nazwę „choroby zakroczymskiej".
Zakroczym już nigdy nie odzyskał dawnej świetności. W 1793 r był zajęty przez wojska rosyjskie. Po III rozbiorze Zakroczym znalazł się w zaborze pruskim. W okresie walk napoleońskich w Zakroczymiu wojska francuskie przekroczyly Wisłę. W 1813 r. Iwan Paszkiewicz z Zakroczymia kierował akcją oblegania Modlina. W latach 1883-88 nastąpiła budowa fortu nr 1 Zakroczym, który jest pierwszym pierścieniem fortów twierdzy Modlin.
W czasie II wojny światowej część miasta została zniszczona, hitlerowcy dokonali licznych egzekucji ludności. Na terenie fortu został zorganizowany obóz. W wyniku działań wojennych II wojny światowej Zakroczym został zniszczony w 78 %. Po wojnie mieszkańcy z zgliszcz podnieśli kościół, klasztor, szkołę i liczne domostwa.