Data powstania wsi Wilczkowo - dawna nazwa Wolfsdorf - to 2 kwietnia 1332 roku. Wtedy to właśnie biskup Henryk Wogenap nadał lokację. Już wówczas jego zamierzeniem było wybudowanie kościoła w tej miejscowości, miało znaczenie zapewne to, że Wilczkowo leżało przy trakcie z Dobrego Miasta do Miłakowa. W każdym razie pierwsze wzmianki o powstaniu parafii pochodzą właśnie z XIV wieku. Nie wiadomo natomiast co było przyczyną ponowienia lokacji, miało to miejsce 26 października i dokonał tego biskup Herman z Pragi. Więcej danych zachowało się o duchownych, w 1481 r. proboszczem w Wilczkowie był Jan Wilde, który najprawdopodobniej został później sufraganem warmińskim. Z początkiem XVI w. parafia ta należała do dekanatu orneckiego, miała również filię Rogiedle.
Obecna świątynia budowana była w latach 1786 – 1787, konsekrowana została 25 października 1789 r. przez biskupa warmińskiego Ignacego Krasickiego ku czci św. Jana Chrzciciela i św. Apolonii. Wyposażenie kościoła dokonano rok później w 1790 r.
Jest budowla utrzymana w stylu baroku, murowana i otynkowana, dach wielospadowy kryty dachówką, na środku dachu niewielka arkadia z wieżyczką. Główne wejście znajduje się w murowanej na planie kwadratu, strzelistej wieży. Cała budowla choć niewielka sprawia wrażenie masywnej, a z pewnością bardzo charakterystyczna i rozpoznawana z daleka jest wspomniana wieża. Jest ona zakończona małą kopułą na której umieszczono metalowy krzyż z chorągiewką. Na niej są dwie daty; 1787 czyli rok ukończenia budowy i 1923, data zakończenia rozbudowy, chociaż prawdopodobnie zakończono ją w 1921 r. We wnętrzu na uwagę zasługuje urokliwy malowany drewniany sufit, ołtarz główny i boczne, ambona i piękny prospekt organów. Wszystko utrzymane w konwencji baroku.
Wokół kościoła możemy odnaleźć jeszcze ślady dawnego cmentarza, nagrobki z niemieckimi inskrypcjami pochodzą w większości z początku ubiegłego wieku.