Parafia prawosławna w Wasilkowie została ufundowana na początku XVI wieku. Po lokacji miasta przez Grzegorza Wołłowicza w 1567 r. rozpoczęła się budowa nowej cerkwi świętych Piotra i Pawła. Trzecia z kolei świątynia parafialna została ufundowana przez chorążego ziemi bielskiej Jana Kruczewskiego po 1762 roku. Obecna, pięciokopułowa, murowana cerkiew w Wasilkowie została zbudowana w połowie XIX w. i poświęcona w 1853 r. przez biskupa brzeskiego Ignacego. Osobno stojącą, także murowaną dzwonnicę wybudowano w tym samym stylu co cerkiew w 1857 roku.
W XIX w. parafia prowadziła działalność duszpasterską oraz gospodarczą, prowadząc konieczne prace remontowe, wyposażając cerkiew w przedmioty liturgiczne. Wszystkie inwestycje mogły być realizowane głównie dzięki ofiarom parafian oraz innych darczyńców.
Życie parafialne w Wasilkowie po odzyskaniu niepodległości przez Polskę odnawiał ks. Włodzimierz Drużyłowski. W trudnych powojennych warunkach parafia otoczyła opieką wiernych zamkniętej cerkwi w Knyszynie oraz starała się o ponowne uruchomienie w Supraślu filialnej cerkwi w zamkniętym Monasterze Zwiastowania Najświętszej Bogarodzicy.
Jesienią 1999 r. z inicjatywy proboszcza, ks. Aleksandra Makala, rozpoczęto generalny remont wnętrza cerkwi. Wykonano freski na głównej kopule, odnowiono już istniejące freski, odrestaurowano ikonostas. Po remoncie, ukończonym w 2002 r., poświęcenia dokonał biskup białostocki i gdański Jakub. W 2003 r. wyremontowano dzwonnicę oraz z zewnątrz pomalowano świątynię, odnowiono także kopuły i krzyże na cerkwi.
W cerkwi wasilkowskiej przechowywana jest kopia Wasilkowskiej ikony Matki Bożej z kaplicy w Świętej Wodzie. Jej wymiary wynoszą około 69,5 x 47 cm. Przedstawia ona Matkę Bożą w wieku młodzieńczym w ciemnoniebieskiej chuście, z przechyloną lekko na prawo w tył głową, ze sztyletem wbitym w pierś, ze wzniesionymi ku niebu zapłakanymi oczami.
(Oprac. Elżbieta i Andrzej Danieluk)