Pierwszy kościół w Miłkowicach został wzniesiony w drugiej poł. XV w. z fundacji prawdopodobnie ówczesnych właścicieli tutejszego majątku – Miłkowskich. Był to obiekt drewniany i uległ naturalnemu zniszczeniu w XVIII w.
Kolejny kościół p.w. św. Mikołaja został wzniesiony w roku 1787 przez miejscowego dziedzica Ignacego Lipskiego. Był to obiekt posadowiony na murowanym fundamenciem, na planie krzyża. Za budulec użyto bali sosnowych. Niestety, spłonął wraz z plebanią w 1849 r. Kolejna świątynia powstała w roku 1850 z inicjatywy dziedzica Tomasza Bogdańskiego. Była zbudowana z tzw. muru pruskiego. Dotrwała do roku 1870, kiedy to zamieniła się w ruinę. Wierni po tym fakcie byli zmuszeni do modlenia się w kaplicy urządzonej w pomieszczeniach dworskich. Taki stan rzeczy miał się do 1880 r.
W latach 1880-1882 wzniesiono nową świątynię, murowaną w stylu neogotyckim (którą oglądamy) z fundacji rodziny Bogdańskich i Wężyków za ocalone życie (ich krypta grobowa znajduje się pod kościołem; wejście jest zamurowane). Przy budowie kościoła brali udział wszyscy mieszkańcy, sami kopali glinę, wypalali cegły. Rok później tj. w 1883 r. wybudowano dzwonnicę. W latach 1905-1907 Dom Boży wzbogacił się o polichromię autorstwa braci Żdżarskich z Krakowa. Powstały one za sprawą Tomasza i Albiny Bogdańskich.
Kolejne lata to dalsza zapisana historia … w 1910 r. kościół został konsekrowany, w 1930 r. uległ częściowemu zniszczeniu, w 1935 r. został poddany remontowi a jego ściany zostały powiązane metalowymi kotwami.
Okres II wojny nie był przychylny dla świątyni. Okupanci niemieccy w 1939 r. kościół zamienili w szpital, wywieźli jego wyposażenie wraz z dwoma dzwonami „Tomasz” i „Stanisław”, zniszczona została dolna część polichromii. W roku 1940 szpital zlikwidowano a w to miejsce został utworzony magazyn żywności. Rok później został aresztowany ówczesny proboszcz ks. Aleksander Krzesiński. Wywieziony do obozu koncentracyjnego stracił tam życie. W 1945 r. rosyjski pocisk artyleryjski uszkodził wieżę kościoła, nieprzypadkowo. Znajdował się bowiem na niej niemiecki punkt obserwacyjny. Ostatni kompleksowy remont kościół przeszedł w latach 1959-1960.
Warto wiedzieć: W miejscu gdzie dziś znajduje się parking niegdyś stała organistówka (jeszcze w 2008 r.)
Źródło informacji: https://milkowicemikolaj.pl.tl/Strona-startowa.htm