W sąsiedztwie kościoła franciszkanów oraz Starej Bramy Lwowskiej stoi dawny zespół klasztorny bonifratrów. Zakon ten sprowadzono do Zamościa w roku 1649, a począwszy od roku 1660 wznoszono dla nich budynki klasztorne i drewniany kościół. Obecne, murowane zabudowania poklasztorne pochodzą z okresu 1756-73 i zbudowano je z fundacji Jana Jakuba Zamoyskiego na planie trapezu, którego południową szęść wykorzystywano jako szpital. Zbudowano wówczas również kościół św. Krzyża, wchodzący w skład zespołu klasztornego, jednak dziś już on nie istnieje. Wewnątrz zabudowań znajduje sią dziedziniec z arkadowymi krużgankami.